فى عصر البابا كيرلس السادس بابا الإسكندرية وبطريرك الكرازة المرقسية الـ 116 وبالتحديد فى 24 يوليو 1965، تم وضع حجر الأساس للكاتدرائية المرقسية الجديدة بأرض الأنبا رويس بالعباسية، وكان ذلك فى حضور الرئيس الراحل جمال عبد الناصر، حيث تم افتتاحها رسميا للصلاة فى 25 يونيو 1968 في حفل مهيب حضره الرئيس والإمبراطور هيلاسلاسى إمبراطور أثيوبيا الراحل.
وذكر الموقع الرسمي للكنيسة الأرثوذكسية، أنه فى هذه الكاتدرائية أيضا تمت صلاة التجنيز على روح قداسة البابا كيرلس السادس فى 10 مارس 1971؛ كما تم تجليس البابا شنودة الثالث البطريرك الـ 117 فى 14 نوفمبر 1971، وأيضا صلاة التجنيز على قداسته في 21 مارس 2012؛ كما تم فيها أيضا رسامة البابا تواضروس الثانى البطريرك الـ 118- أطال الله حياته – في 18 نوفمبر 2012 .
وعرفت هذه الأرض فى كتب التاريخ بـ”دير الخندق ” وعنه قال العلامة المقريزي في خططه وتحت كلمة “دير الخندق” ( ظاهر القاهرة. من بحريها .عمره القائد جوهر عوضا عن دير هدمه كان بالقرب من الجامع الأقمر ؛حيث البئر التي تعرف الآن “”بئر العظمة”” وكانت إذ ذاك تعرف “”ببئر العظام ” من أجل أنه نقل عظاما كانت بالدير وجعلها “”بدير الخندق” ثم هدم دير الخندق في رابع عشر شوال سنة ثمان وسبعين وستمائة في أيام المنصور قلاوون ؛ ثم جدد هذا الدير الذي هناك بعد ذلك؛ وعمل كنيستين يأتي ذكرهما في الكنائس) وفي باب الكنائس وتحت كلمة “كنيستا الخندق” كتب يقول (ظاهر القاهرة . إحداهما علي اسم "جبريال الملاك" والأخري علي اسم “مرقوريوس ” وعرفت برويس؛ وكان راهبا مشهورا؛ وعند هاتين الكنيستين يقبر النصاري موتاهم؛ وتعرف بمقبرة الخندق.
وفى يوم تاريخى قام قداسة البابا تواضروس الثاني بتدشين الكاتدرائية المرقسية في 18 نوفمبر 2018 حيث قام قداسته بتدشين الثلاث مذابح الرئيسية؛ وأيقونة حضن الآب؛ كما قام الآباء المطارنة بتدشين الأيقونات الموجودة علي جانبي الكاتدرائية. واشترك في صلوات التدشين حوالي 107 مطارنة وأساقفة، وتم تدشين حوالي 200 أيقونة من أيقونات الكاتدرائية الجديدة.
