يضم مترو الأنفاق عدد كبير من المحطات بالخطوط الثلاثة، ومن بين هذه المحطات عدد محدود من المحطات الهامة.. نستعرضها فى النقاط التالية.
محطة الشهداء
هى محطة التقاء بين الخطين الأول والثانى وتكمن أهميتها فى المقام الأول لالتقائها بمحطة مصر للسكة الحديد كما انها مكان متوسط بالنسبة للأماكن التجارية الحيوية مثل السبتية والفجالة وشارع الجمهورية
محطة السادات
هي محطة التقاء بين الخطين الأول والثاني وتعتبر مركز القاهرة وملتقى العديد من المنشآت الحيوية الهامة مثل مجمع التحرير ومجلس الوزراء ومجلس النواب وكذلك المتحف المصري وكوبري قصر النيل
محطة العتبة
هي محطة التقاء بين الخطين الثالث والثاني وقريبة من أكبر منطقة تجارية بالقاهرة .
محطة ناصر
هي محطة تبادلية بين الخط الأول والثالث وتقع أمام دار القضاء العالى وقريبة من منطقة وسط البلد
محطة عدلي منصور
محطة مركزية تبادلية كبيرة تضم مجمع نقل متكامل الخدمات ومنطقة تجارية استثمارية على مساحة 15 فدانًا ليتم تبادل الخدمة بين خمس وسائل نقل مختلفة: محطة لمترو الخط الثالث ومحطة للقطار الكهربائي "عدلي منصور - العاصمة الإدارية - العاشر من رمضان"، ومحطة للسكك الحديدية "القاهرة - السويس" ومحطة للسوبر جيت، وأخيرًا محطة BRT للربط مع مطار القاهرة الدولي.
