واجه المستشار أحمد إدريس يوسف والى بتحريات الأجهزة الرقابية والبلاغ المقدم من مصطفى بكرى، عضو مجلس الشعب الأسبق، والتى تضمنت بأنه أثناء تولى والى منصب وزير الزراعة وافق على إدخال شحنة من الأسمدة الزراعية والتى تحتوى على مواد مسرطنة تسببت فى إصابة المواطنين بفشل الكلى وتليف الكبد والسرطان.
كما واجهته هيئة التحقيق بتحريات الأجهزة الرقابية التى تبين منها موافقته على تخصيص قطع من الأراضى الزراعية لبعض رجال الأعمال والمستثمرين لاستصلاحها وزراعتها بالطريق الصحراوى مصر/إسكندرية إلا أنهم قاموا بتحويلها إلى أراضى مبان وإنشاء منتجعات سياحية عليها، مما أدى إلى إهدار المال العام بتكلفة تقدر بـ200 مليون جنيه فارق السعر بين متر الأرض الزراعية ومتر أرض المبانى، إلا أنه نفى ذلك وقدم مستندات تثبت عكس ذلك، وأن الموافقة كانت بالأمر المباشر من الرئيس مبارك ولم يكن أمرًا مباشرًا منه بتخصيص الأراضى.
وفور انتهاء التحقيقات معه خرج يوسف والى وسط حراسة مشددة وتم إيداعه داخل سيارة الترحيلات لنقله إلى سجن طره.
