والزائر لقلعة صلاح الدين، أول ما سيلفت انتباهه بعد مروره من الباب الرئيسى، التحفة المعمارية للمسجد بما تحتويه من مداخل متعددة وصحن مكشوف وقبة خضراء فوق المحراب تشبه قبة المسجد النبوى، ووفق ما يقوله "المقريزى": يتكون التخطيط المعمارى لجامع الناصر محمد بن قلاوون من مساحة تخطيطها مربع الشكل تحتوى على أربعة أواوين كل واحدة منها تشكل مذهبا من مذاهب الإسلام، كما أن للمسجد ثلاثة مداخل، الأول "الرئيسى" يقع فى الشمال الغربى وتوجد فوقه لوحة تأسيسية من الرخام باسم الناصر محمد بن قلاوون مؤرخة بتاريخ البناء الأول سنة 718 هـ، بينما الباب الثانى يقع فى الجانب الجنوبى الغربى وهو مغلق حاليا، فى حين يحتل الباب الثالث شمال شرق المسجد، وعلى عكس المتوقع فى مثل هذه النوعية من المساجد، فإن واجهة المسجد تخلو من أى زخارف على غير عادة أهل هذا العصر، والذين كانوا يهتمون بالزخارف.
وطبقا لما يذكره "المقريزى" فى وصفه للمسجد فإنه كان أحد المبانى المعلقة، وقت بنائه حيث كان يوجد تحته طابق آخر، أما تخطيطه من الداخل فإنه صمم على غرار الجوامع الأولى المبكرة إذ يتوسطه صحن مكشوف به الأربعة إيوانات، أكبرها إيوان القبلة الذى يقع أمام محرابه القبة الخضراء وهذه القبة محمولة على عشرة أعمدة من الجرانيت، ضمن 74 عمودا كل عمود يختلف عن الآخر فى الشكل والعصر الذى ينتمى إليه، حيث توجد أعمدة من العصور الفرعونية، البطلمية، والرومانية ومنها ما هو منقوش بزهرة من اللوتس الفرعونية أو رسومات تعبر عن العصور الأخرى.
وكغيره من الجوامع الأخرى، يلف جامع الناصر محمد بن قلاوون من أعلى فتحات نوافذ كانت قديما مغطاة بأحجبة جبسية رائعة الجمال، أما منبر الجامع فهو من الرخام الملون وكذلك الأرضية، وبالإيوان الشرقى للمسجد يوجد كرسى للمصحف من خشب الورد وحليت جوانبه بالأطباق النجمية المطعمة بالصدف.
