يواجه قطاع المياه فى مصر عدد من التحديات الصعبة التى حددها مشروع الخطة القومية للموارد المائية الممول من الاتحاد الأوروبى، تعرف عليها..
وإلى تحديات قطاع المياه فى مصر:
- محدودية الموارد المائية المتاحة وتأثرها بمعدلات التنمية فى دول حوض النيل.
- المعدلات العالية للزيادة السكانية وتركيز التوزيع السكانى بالوادى والدلتا.
- ارتفاع مستوى المعيشة وازدياد الطلب وتنافس القطاعات على المياه "شرب وصناعة وزراعة".
- انخفاض الوعى والإسراف فى استخدام المياه بمختلف القطاعات "انخفاض كفاءة الاستخدام".
- الفجوة الغذائية المتزايدة والحاجة لتحقيق الأمن الغذائى "أكثر من 12 مليار دولار".
- الموارد والاستثمارات المطلوبة لضمان جودة أداء شبكتى الرى والصرف ومحطات الطلمبات.
- تلوث المجارى المائية وتدهور نوعية المياه "الصرف الصناعى والمزارع والاقفاص السمكية والصرف الصحى والمخلفات الصلبة والحشائش المائية.. إلخ".
- التغيرات المناخية وتأثيراتها السلبية المتوقعة على إيراد النيل والاحتياجات.
- بعض تعقيدات النظام المؤسسى وثقافة تبادل وملكية المعلومات "داخل وبين القطاعات".