أقامت مؤسسة الأهرام الصحفية دعوى أمام محكمة القضاء الإدارى بمجلس الدولة طالبت فيها بوقف وإلغاء قرار الصادر من المستشار رئيس اللجنة القضائية المشرفة على انتخابات النقابات المهنية بإدراج عبد الرؤوف خليفة ضمن العاملين بمؤسسة الأهرام وترشحه فى انتخابات التجديد النصفى لنقابة الصحفيين.
وقالت الدعوى رقم 32494 لسنة ٧١ قضائية، إنه فى شهر فبراير 2017، أصدر رئيس اللجنة المشرفة على انتخابات نقابة الصحفيين قرارًا بإجراء الانتخابات على منصب النقيب ومجلس النقابة العامة للصحفيين يوم الجمعة الموافق 2 مارس 2017، مضيفة أنه بناء على ماسبق تقدم الراغبون فى الترشح، وكان من بينهم المطعون عليه الأول، والمسجل بالكشوف على أنه صحفى فى الأهرام على خلاف الحقيقة، وأن النقابة لم تقبل الطعن على هذا القرار.
اوضحت الدعوى أنه بتاريخ 5 مارس 2015 صدر قرار مجلس إدارة المؤسسة بالموافقة على فصل عبد الرؤوف خليفة فى ضوء ما انتهى إليه التحقيق الإدارى معه، وتم تحرير استمارة 6 تأمينات وتسليمها لمكتب تأمينات عابدين، وأبدت إدارة الفتوى والتشريع بالهيئة العامة للتأمينات رأيها القانونى فى هذا الصدد برقم 32 بتاريخ 24 مارس 2016، حيث انتهت إلى أن المؤسسة أنهت اشتراك المذكور، وتم رفع اسمه من العاملين بالمؤسسة.
واستندت الدعوى على أن القرار المطعون عليه مخالف لما هو ثابت بالأوراق، وأنه معيب فيه بإساءة استعمال السلطة، وأنه أتاح للمطعون ضده الأول القيد بالكشوف تحت اسم صحفى بالأهرام على خلاف الحقيقة، ما يستوجب وقف تنفيذه وإلغاؤه.