أثار مسلسل الجماعة الجزء الثانى تأليف الكاتب الكبير وحيد حامد كثيرا من الجدل، خاصة فى رصد العلاقة بين الزعيم جمال عبد الناصر وجماعة الإخوان.
ويشير تتر الخاتمة فى المسلسل إلى أن رئيس قسم البحث هو الدكتور حمادة حسنى، أستاذ التاريخ المعاصر والحديث فى جامعة قناة السويس، والذى أشار إلى المراجع التاريخية والكتب التى أعتمد عليها وهى:
الإخوان والعنف مؤامرة 1965.. رياض حسن محرم
الإخوان والسلفيون الماضى والحاضر .. إبراهيم عبد الناصر يونس
حقيقة الخلاف بين الإخوان وعبد الناصر.. محمد حامد أبو النصر
سراديب الشيطان صفحات من تاريخ الإخوان المسلمين .. أحمد رائف
الإخوان المسلمين فى الميزان.. محمد حسنى أحمد
حسن البنا وجماعة الإخوان المسلمين بين الدين والسياسة.. حمادة محمود إسماعيل
الإخوان المسلمون.. كبرى الحركات السلمية الحديثة .. إسحق موسى الحسينى
فكر سيد قطب بين رأيين.. سعد الحصين
الإخوان المسلمين بين التاريخ والمستقبل.. وحيد عبد المجيد
أسرار العلاقة الخاصة بين عبد الناصر والإخوان.. سليمان الحكيم
لماذا أعدمونى .. سيد قطب
عبد الناصر والإخوان بين الوفاق والشقاق.. سليمان الحكيم
حسن البنا الذى لا يعرفه أحد.. حلمى النمنم
سيد قطب وثورة يوليو.. حلمى النمنم
سيد قطب من القرية إلى المشنقة سيرة الأب الروحى لجماعات العنف .. عادل حمودة
أيام من حياتى.. زينب الغزالى
التاريخ السرى لجماعة الإخوان المسلمين
مذكرات على عشماوى آخر قادة التنظيم الخاص لجماعة الإخوان.. على عشماوى
الإخوان المسلمين والنظام الخاض .. أحمد عادل كمال
كنت رئيسا لمصر.. محمد نجيب
الإخوان وأنا.. فؤاد علام
الإخوان المسلمون بين عبد الناصر والسادات من المنشية إلى المنصة.. زكريا سليمان بيومى
الإخوان المسلمون والجماعات الإسلامية فى الحياة السياسية المصرية.. زكريا سليمان بيومى
قصة ثورة يوليو 1952 .. أحمد حمروش
الإخوان وعبد الناصر القصة الكاملة لتنظيم 1965 أحمد عبد المجيد كشكول
ملف قضية سيد قطب وآخرون.. مركز الدراسات القضائية
تنظيم 1965 الصحوة والزلزال.. محمد الصروى
الإخوان المسلمين وجذور التطرف الدينى والإرهاب فى مصر .. السيد يوسف
أمريكا من الداخل بمنظار سيد قطب.. صلاح عبد الفتاح الخالدى
حركة الإخوان المسلمين والعمل السرى والعنف .. عبد العظيم الديب
وثائق من باريس وسجن الواحات حول ثورة 23 يوليو وعن الإخوان المسلمين.. أحمد القصير
صفحة من تاريخ أمة.. الإخوان المسلمون وثورة 23 يوليو.. ياسر الغضبان
عمر التلمسانى من التانجو فى عماد الدين إلى زعامة الإخوان المسلمين.. عصام الغازى
الإخوان المسلمين دراسة حالة.. العمرو قاسم
حقيقة التنظيم الخاص ودوره فى دعم الإخوان المسلمين.. محمد الصباغ
أسرار ثورة يوليو.. جمال حماد
مقدمات ثورة يوليو.. عبد الرحمن الرافعى
حصاد العمر مذكرات قادة الإخوان.. صلاح شادى
ثورة يوليو 1952 محمود حماد
التاريخ الأسود للجماعة.. ياسر حلمى