هبط النادى المصري فى تاريخه مرة واحدة للقسم الثانى كانت بموسم 1957/1958 وهو الموسم التالى مباشرة للعدوان الثلاثى بسبب تأثر النادى بتداعيات الحرب فى بورسعيد وما نتج عنها من رحيل أبرز لاعبى الفريق وعلى رأسهم الهداف التاريخى للمصرى السيد الضظوى الذى انتقل للأهلى، رحل لاعبون ولكن بقى الجمهور مسانداً.
لعب المصرى بالدرجة الثانية لموسمين فقط قبل أن يعود مجدداً أكثر قوة للدورى الممتاز فى موسم 1960- 1961 ليظل المصرى أكثر الأندية –بعد الأهلى والزمالك-، مشاركة فى مسابقة الدورى المصرى الممتاز فى التاريخ، إذ لم يغب عن الدورى الممتاز سوى فى موسمين فقط.
