أوصت لجنة النقل والمواصلات بمجلس النواب، برئاسة النائب هشام عبد الواحد، الهيئة العامة للنقل النهرى، بضرورة أن تستهدف ضمن برامجها استغلال المجرى الملاحى فى نقل الركاب والبضائع، وذلك لتحقيق التكامل وتعظيم الاستفادة من البرنامج الرئيسى للهيئة.
وتعمل الهيئة العامة للنقل النهرى، على تحقيق برنامج رئيسى وهو التراخيص الملاحية وتنظيم حركة الملاحة، وهو البرنامج المنوط به إصدار التراخيص الملاحية للوحدات النهرية، وكذالك الإشراف على حركة الملاحة النهرية من مخالفات للوحدات النهرية تنفيذا لقرار إنشاء الهيئة.
وتحقق الهيئة، حسب تقرير لجنة النقل والمواصلات، إيرادا على استخدام الطرق النهرية وكذلك أعمال الفحص والتراخيص حتى 31/12/2018 مبلغ 1175000 جنيهًا، فيما يبلغ عدد الوحدات التى تم تراخيصها فى الفترة من 1/7/2018 حتى 30/12/2018 (687) ما بين سياحى، جرار، نقل ركاب، نقل خفيف، ومن المتوقع ترخيص عدد 971 رخصة متنوعة للعام المالى 2020/2019.
كما تعمل الهيئة على تحقيق عدد من البرامج الفرعية، تتمثل فى رفع كفاءة الطرق الملاحية، رفع كفاءة الوحدات النهرية، إنشاء وتطوير البنية المعلوماتية والاتصال، إنشاء موانئ نهرية.