وحدد قانون إعادة تنظيم هيئة الأوقاف المصرية، الذي أقره مجلس النواب نهائيا، اختصاصات هيئة الأوقاف، ونصت المادة رقم (4) من القانون، علي أن يكون للهيئة في سبيل تحقيق أغراضها الاختصاصات الآتية:
أولا: إدارة الأوقاف الخيرية واستثمارها والتصرف فيها على أسس اقتصادية، بقصد تنمية أموال الوقف باعتبارها أموالا خاصة نيابة عن وزير الأوقاف، بصفته ناظرا عن الأوقاف الخيرية، علي أن تتولي وزارة الأوقاف تنفيذ شروط الواقفين والأحكام والقرارات النهائية الصادرة من المحاكم واللجان بشأن القسمة أو الاستحقاق أو غيرها، وكذلك محاسبة مستحقي الأوقاف الأهلية، وفقا لأحكام القانون رقم 44 لسنة 1962، وذلك من حصيلة ما تؤديه الهيئة إلي الوزارة.
ثانيا: حصر وتقييم أعيان وأموال الأوقاف التي تختص الهيئة بإدارتها واستثمارها، واستلام هذه الأموال عن طريق اللجنة اللجنة النوعية المختصة، علي أن تمثل فيها وزارة المالية والمجالس المحلية، والهيئة العامة للإصلاح الزراعي، وأية جهات أخري علي حسب الأحوال، ويبين قرار إنشاء هذه اللجان كيفية أداء عملها، علي أن يكون التصرف في الأعيان والعقارات بطريق المزاد العلني.
