حدد قانون المخلفات الصادر برقم 202 لسنة 2020، أن مجلس إدارة جهاز المخلفات هو السلطة العليا المهيمنة علي شئون الجهاز وإدارته والموافقة علي السياسة العامة التي يسير عليها، وله أن يتخذ من القرارات ما يراه لازمًا لتحقيق أهدافه، ويباشر المجلس اختصاصاته علي الوجه المبين بالقانون كما أن القانون منح الجهاز مسئولية إقرار مشروع الموازنة السنوية والحساب الختامي السنوي والمركز المـالي والقوائم المـالية للجهاز .
ووفقا للقانون يكون للجهاز مجلس إدارة ، يشكل برئاسة الوزير المختص ، وعضوية عدد لا يزيد علي اثني عشر عضوًا يمثلون الجهات الإدارية المختصة والخبراء والجامعات ومراكز البحوث ،ولرئيس مجلس الإدارة دعوة ممثل مفوض عن الوزارات المختصة أو الجهات المعنية لحضور اجتمــاعات مجلس الإدارة عند منــاقشة الموضوعات الواقعــة في اختصــاصها ، كما له الاستعانة بمن يراه من ذوي الخبرة لبحث مسائل معينة أو الاشتراك في مناقشتها ، دون أن يكون لأي منهم حق التصويت في المداولات ، ويصرف لمن يدعي للحضور بدل حضور الجلسات المقرر .
ويصدر بتشكيل مجلس الإدارة وتحديد مكافأة الأعضاء وبدل حضور الجلسات قرار من رئيس مجلس الوزراء بناءً علي عرض من الوزير المختص ، وذلك لمدة ثلاث سنوات قابلة للتجديد لمدة واحدة مماثلة .
