ومن أشهر الآثار المتواجدة في محافظة قنا ما يلي
1. معبد دندرة
دندرة هي إحدى قرى مركز قنا وتتميز القرية بتواجد واحد من أهم معابد قدماء المصريين، وهو معبد هاتور أو معبد دندرة، الذي يعد قبلة الزائرين للمدينة والقرية ويعد معبد دندرة من المعابد القليلة التي يعبد فيها ثالوثان، الأول ثالوث حتحور والثاني لأوزير، ويشتهر المعبد بالمناظر الفلكية المصورة على السقف، وكذلك المناظر العديدة التي تصور الملوك والأباطرة يقدمون القرابين للآلهة، كما يتميز هذا المعبد بوجود سراديب مبنية في الجدران والأساسات، ويوجد أيضًا سلمان يؤديان إلى السطح.
معبد دندرة
2. معبد شنهور
معبد شنهور، ويطلق عليه أيضاً اسم معبد إيزيس، هو معبد يعود للعهد الروماني بني خلال فترة حكم الإمبراطور أغسطس وانتهى بنائه في عهد الإمبراطور تراجان في القرن الأول الميلادي، ويقع المعبد في قرية شنهور التابعة لمركز قوص بمحافظة قنا.
معبد شنهور بقوص
3. مسجد عبد الرحيم القنائي
مسجد العارف بالله عبدالرحيم القنائى، هو أكبر مساجد محافظة قنا والذى يقع وسط المدينة على مساحة كبيرة وبحديقة في المقدمة، ويقبل عليه المواطنون من كل محافظات مصر لزيارة الضريح، كما يقام له مولد سنوي ويعد من أشهر الأماكن التي تعرف في قنا وعلم من أعلامها.
وتبلغ مساحة المسجد من الداخل 1250 مترا مربعا، ومع التوسعات التى دخلت بلغت المساحة التى يتم الصلاة بها 2058 مترا مربعا، شاملة المسجد والصحن الخارجى، فيما تبلغ المساحة الكلية للمسجد 12، 259 مترا بما يعادل 3 أفدنة تقريبا.
ولد السيد عبد الرحيم القناوي في عام 521 هـ / 1127م بمدينة ترغاي بإقليم سبتة بالمغرب وتعلم على يد والده، وحفظ القرآن في الثامنة من عمره، وتوفى أبيه وهو في الثالثة عشر من عمره، وصعد المنبر وخطب بالمسلمين وتعلم الفقه والحديث ببلاد المغرب وهو ابن الرابعة عشر ثم حل محل والده، وأمضى خمس سنوات معتلياً منبر الجامع، يعلم الناس ويعظهم، بأسلوبه الخاص الذي يبكى الروح والعين، قبل أن تناديه مكة فيشد الرحال إليها خلال موسم الحج العاشر.
4. دير الصليب
دير الصليب المقدس يقع على الضفة الغربية من نهر النيل بزمام دنفيق مركز نقاده، ويبعد عنها جنوبًا مسافة 6 كم تقريبًا - 4 كم. جنوب دير الملاك.
وأول ذكر لـ"دير الصليب والأنبا شنوده" في الوثائق الرسمية كان في القرن السادس في سيرة حياة القديس بسنتاؤس (548-631 م.)، حيث رسم القديس الأنبا إندراس رئيسًا للدير. فكان الذِكر الأول للدير في القرن السادس الميلادي، ولكن ربما كان الدير قائمًا من القرن الخامس الميلادي وظل الدير قائمًا ومليئًا بالرهبان حتى الفتح الإسلامي.
5. قلعة شيخ العرب همام
تقع في مدينة فرشوط مركز نجع حمادى وكانت مدينة فرشوط عاصمة الإقليم كله من جنوب أسيوط وحتى إسنا أربعة أعوام ( 1765 – 1769هـ ) حينما أسس شيخ العرب همام بن يوسف دولته فى صعيد مصر واستطاع أن يحكم الصعيد من أسيوط وحتى إسنا وأقام دولة عرفت فى التاريخ باسم دولة همام كانت عاصمتها مدينة فرشوط.
قلعة شيخ العرب همام
6. المسجد العمري بقوص
المسجد العمري الذي بني في وسط مدينة قوص ما زال مزارًا مفتوحًا للسائحين وأهالي المحافظة والمحافظات المجاورة لما يحتويه من محراب قديم وألواح رخامية مدون عليها تواريخ قديمة والطابع الذي يشبه الجامع الأزهري وجلسات العلم التي كانت تقادم فيه إلي وقت قريب.
المسجد العمري
وتسمية المسجد بالعمري لا تعنى بالضرورة أن منشأه هو عمرو بن العاص، ولكنها تعنى أنه أقدم مسجد في المدينة نسبة إلى أن الجامع العمرى بالفسطاط هو أقدم مساجد مصر، ويرجع تاريخ هذا المسجد إلى العصر الفاطمي إلا أن التغيرات والتجديدات التي أدخلت عليه أفقدته الكثير من معالمه الأصلية، فقد تغير كثير من عقوده الداخلة في إيوان القبلة في العمارة التي قام بها محمد بك قهوجى سنة 1233 هجرية ، كما أن التجديد التي حدث للمئذنة أفقد الجامع وجهاته الرئيسية.
ويحيط بمحراب المسجد كتابة بالخط الثلث المملوكي نصها "إنما يعمر مساجد الله من آمن بالله واليوم الآخر وأقام الصلاة وآتى الزكاة ولم يخش إلا الله فعسى أولئك أن يكونوا من المهتدين، وحول طاقية المحراب قوله تعالى "قد نرى تقلب وجهك في السماء"، وفى النهاية البحرية للبائكة الرابعة والخامسة من إيوان القبلة توجد مقصورة من الخشب الخرط على جانب عظيم من الأهمية، فالجانب الشرقي من المقصورة باق على صورته الأولى، ويتكون من حشوات بها زخارف محفورة حفرا عميقا وكذا الجانب الغربي، وكذا باب المقصورة مكون من حشوات سداسية الشكل يحيط بها من أعلى وأسفل أشرطة من خشب الخرط الذي انتشر استعماله في العصر المملوكي.
