يقوم الأقباط الأرثوذكس في مصر بانتخاب أعضاء المجلس الملى، حيث يختص بالنواحى الإدارية وغير الدينية فى حياة الكنيسة.
وفى فبراير من عام 1874 م كان بطرس باشا غالى هو أبرز أبناء طائفته، حيث كان وكيلاً لأحدى الوزارات، كما كان على صلة طيبة بـالخديوى إسماعيل ورجال حاشيته ، وتبنى بطرس غالى باشا فكرة المجلس الملى ، وإستصدر بالفعل أمراً عالياً من الخديوي إسماعيل بتشكيل أول مجلس ملى للأقباط وكان ذلك في فبراير 1874 م وأنيط بالمجلس الجديد أن يحدد إختصاته، وأن يضع لنفسه لائحة داخلية، وصدر الأمر العالى من الخديوي توفيق بلائحة المجلس الملى للمرة الأولى في يناير 1874
ويتشكل المجلس من 24 عضو (رجال ونساء) ينتخبهم الأقباط فى مصر، ويرأس المجلس البابا تواضروس بابا الأسكندرية وبطريرك الكرازة المرقسية.
ودخلت الكنيسة فى صدام مع هذا المجلس، خلال فترات زمنية متباعدة، أشهرها رفض البابا كيرلس الخامس، مراقبة "العلمانيين" حسابات الكنيسة، وطلب البابا كيرلس السادس، في عهد الرئيس جمال عبدالناصر بتجميد عمل المجلس، حتى أعاد البابا شنودة المجلس للحياة مرة أخرى، بعد أن أحكم السيطرة على اختيارات أعضائه وتوزيع قوائم على الكنائس بمن يرغب في اختيارهم.
