يعتبر نظام الوقف فى الكنيسة الأرثوذكسية نظام قانونى له أصول، وله ما يقابله فى الشريعة الإسلامية، والتشريعات الغربية، حيث ينظم الوقف في مصر الآن القانون رقم 48 لسنة 1946، ويتمتع بحماية ورعاية دستورية بمقتضى نص المادة (90) من الدستور ومن أهم مزايا الوقف، وهو أنه لا يجوز الاستلاء على العقارات الموقوفة أو تملكها بوضع اليد المدة الطويلة.
وأنشئت المجالس الملية فى القرن الثامن عشر كان من أهم اختصاصاتها الإشراف على إدارة اوقاف الكنيسة والجهات التابعة لها كالمستشفيات والمدارس والملاجئ، غير انها لم تحقق النجاح المرجو في الاشراف على تلك الأوقاف، فخلال عام 1959 واجهت الكنيسة مشكلتين تتمثل فى رغبة الدولة فى تطبيق أحكام قوانين الإصلاح الزراعي على أوقاف الكنيسة، والثانية في سوء إدارة أوقاف الكنيسة.
وعهد المجمع المقدس الى لجنة قانونية من أراخنة الكنيسة للبحث عن حل فانتهت هذه اللجنة الى وجوب استصدار قانون يقضي بإنشاء هيئة عامة تتولى الاشراف على إدارة اوقاف الكنيسة تحت رقابة الجهاز المركزي للمحاسبات وان يتولى اتخاذ ما يلزم لتطبيق احكام قوانين الإصلاح الزراعي على اوقاف الكنيسة واستثنائها من بعض احكام تلك القوانين.
وبفضل قداسة البابا كيرلس والمجمع المقدس وجهود اراخنة الكنيسة، صدر القانون رقم 264 لسنة 1960، وكان من أهم مواده المادة 7،3،2،1
وصدر قرار رئيس الجمهورية رقم 1433 لسنة 1960 بتشكيل أول مجلس إدارة للهيئة وتحدد اختصاصاتها وتنظيم شئونها، ومن أهم نصوص هذا القرار الجمهورى فى مادته الثانية على تختص هيئة أوقاف الأقباط الارثوذكس بما يأتي:
1 - الإشراف على إدارة جميع الأوقاف من أطيان وعقارات ومحاسبة القائمين على ادارتها عن اراداتها ومصروفاتها. ولها من هذا السبيل ان تضع النظم التي تراها كفيلة بحسن ادارة الاوقاف وضبط حساباتها وصيانة اموالها واستغلالها في أفضل الوجوه وحصر املاكها وموجوداتها.
2 - اعداد الميزانية السنوية العامة لإيرادات ومصروفات الاوقاف.
3 - توزيع ريع الأعيان الموقوفة على الجهات الموقوفة عليها بحسب احتياجاتها الحقيقية وما يكفل المحافظة على اغراضها الاصلية.
4 - توجيه الفائض بعد احتياجات الجهات الموقوفة عليها نحو مرافق الاصلاح او وجوه الاستغلال التي تراها.
5 - تعيين وعزل القائمين على ادارة الأوقاف
ونصت المادة الثالثة من القانون أن رئيس الهيئة هو الذي يمثلها قانوناً، وقضت مادته الخامسة بأن ينتخب مجلس الإدارة في اول انعقاد له وكيلاً وسكرتيراً، ونصت مادته السادسة على ان لا يتقاضى أعضاء مجلس الإدارة مكافأة او بدل حضور عن عملهم.
