حدد قانون التأمين الصحي الاجتماعي الشامل، آليات تسوية المنازعات التي تنشأ عن تطبيق أحكام القانون، فنص على إنشاء لجنة مركزية للنظر بتسوية المنازعات، والتى تنشأ عن تطبيق أحكام الفصل الثالث الخاص بـ" الهيئة العامة للاعتماد والرقابة الصحية".
وينص القانون على أن ينشأ بهيئة الاعتماد والرقابة لجنة مركزية تختص وحدها دون غيرها بتسوية المنازعات التى تنشأ بسبب تطبيق أحكام هذا الفصل وتدخل ضمن اختصاصاتها، برئاسة أحد نواب مجلس الدولة وعضوية مستشارين من مجلس الدولة يختارهم رئيس مجلس الدولة، وممثلين عن طرفى النزاع، ولا يجوز اللجوء إلى القضاء قبل العرض على هذه اللجنة، على أن يتم البت فيه خلال مدة لا تجاوز ثلاثة أشهر، وتحدد اللائحة التنفيذية لهذا القانون ضوابط وإجراءات عمل هذه اللجنة.
وينص الفصل الثالث من القانون، على أن تنشأ هيئة عامة خدمية تسمى "الهيئة العامة للاعتماد والرقابة الصحية"، تكون لها شخصية اعتبارية وموازنة مستقلة، وتخضع للإشراف العام لرئيس الجمهورية، ويكون مقرها الرئيسى بالقاهرة، ويجوز أن تنشئ فروعًا لها بجميع المحافظات، ويصدر بنظام العمل بها قرار من رئيس الجمهورية".
