حدد القانون الموارد الخاصة بصندوق مواجهة الطوارئ الطبية، حيث أشار إلى ٩ موارد، هى:
1 - المساهمات المالية للعلاج على نفقة الدولة فى التدخلات الطبية التى يغطيها الصندوق.
2 - ٢% (اثنان بالمائة) من سعر بيع مستحضرات التجميل المستوردة.
3 - ٣% (ثلاثة بالمائة) من سعر بيع المبيدات الحشرية المعدة للاستخدام فى غير الأغراض الزراعية.
4 - ١% (واحد بالمائة) من حصيلة الحسابات الخاصة بالقطاعات المختلفة بديوان عام وزارة الصحة والسكان ، ويستثنى من ذلك صندوق تحسين الخدمة ودعم البحوث المشتركة بوزارة الصحة والسكان.
5 - المبالغ المالية التى يقدمها البنك المركزى المصرى والبنوك واتحاد البنوك المصرية للصندوق.
6 - الهبات والتبرعات والمنح التى تقدم للصندوق من الأفراد أو الهيئات ، ويقبلها مجلس الإدارة.
7 - عوائد استثمار أموال الصندوق.
8 - المبالغ المالية المخصصة لصالح صندوق تحسين أداء العمل فى الإدارات المشرفة على تنفيذ القانون بوزارة الصحة وإدارات العلاج الحر بالمحافظات، وفقًا لأحكام القانون رقم ٥١ لسنة ١٩٨١ بتنظيم المنشآت الطبية.
9 - الموارد الأخرى التى يقررها مجلس إدارة الصندوق فى نطاق أغراض الصندوق، ويصدر بها قرار من رئيس مجلس الأمناء.
