استندت الاستراتيجية الوطنية لحقوق الإنسان على عدد من المبادئ الأساسية منصوص عليها فى الدستور والمستقرة فى قضاء المحاكم العليا والواردة فى الاتفاقيات الدولية، وهذه المبادئ كما يلى:
1- حقوق الإنسان متأصلة فى الكرامة الإنسانية وهى عالمية، مترابطة ومتشابكة وغير قابلة للتجزئة إذ يعزز كل منها الآخر.
2- الاستفادة من إطار مراجعة الجرائم الأشد خطورة التى توقع عنها عقوبة الإعدام بمراعاة الظروف المجتمعية والدراسات المتخصصة، وبما يتفق مع الاتفاقيات الدولية والإقليمية لحقوق الإنسان التى صدقت عليها مصر.
3- عدم التمييز، وكفالة حقوق الإنسان فى إطار من المساواة، وتكافؤ الفرص، واحترام مبدأ المواطنة.
4- سيادة القانون أساس الحكم في الدولة، واستقلال القضاء، وحصانته، وحيدته ضمانات أساسية لحماية حقوق الإنسان والحريات الأساسية، وتلتزم الدولة بتحقيق ذلك من خلال تشريعات، وسياسات، وأنظمة، وأحكام قضائية فعالة.
5- الديمقراطية وحقوق الإنسان مترابطان، ويعزز كل منهما الآخر.
6- تعزيز الحكم الرشيد، ومكافحة الفساد، وإرساء قيم النزاهة والشفافية لضمان التمتع بحقوق الإنسان والحريات الأساسية.
7- الحق في التنمية حق من حقوق الإنسان، وبموجبه يحق لكل إنسان ولجميع الشعوب المشاركة والإسهام في تحقيق التنمية الشاملة، والتمتع بعوائد هذه التنمية.
8- ضرورة وفاء كافة الأفراد في المجتمع بواجباتهم ومسئولياتهم تجاه احترام حقوق الآخرين وحرياتهم الأساسية.
9- الحقوق والحريات اللصيقة بالإنسان لا تقبل تعطيلا ولا انتقاصا، ولا يجوز لأى قانون ينظم ممارسة الحقوق والحريات أن يقيدها بما يمس أصلها وجوهرها، ولا يجوز أن يوضع من القيود على ممارسة الحقوق والحريات إلا تلك التى ينص عليها القانون وتشكل تدابير ضرورية لحماية الأمن القومى، أو السلامة العامة، أو النظام العام، أو الصحة العامة، أو الآداب العامة، أو لحماية حقوق الآخرين وحرياتهم.