حدد قانون الاستثمار العديد من الحوافز للمشروعات الاستثمارية الخاضعة لأحكامه، وفى هذا الصدد نصت المادة 9 من القانون رقم 72 لسنة 2017 بإصدار قانون الاستثمار على أن تتمتع جميع المشروعات الخاضعة لأحكام هذا القانون بالحوافز العامة، وذلك فيما عدا المشروعات المقامة بنظام المناطق الحرة.
ونصت المادة 10 من القانون على أن تعفى من ضريبة الدمغة ومن رسوم التوثيق والشهر عقود تأسيس الشركات والمنشآت وعقود التسهيلات الائتمانية والرهن المرتبطة بأعمالها، وذلك لمدة 5 سنوات من تاريخ قيدها فى السجل التجارى، كما تعفى من الضريبة والرسوم المشار إليها عقود تسجيل الأراضى اللازمة لإقامة الشركات والمنشآت.
وتسرى على الشركات والمنشآت الخاضعة لأحكام هذا القانون أحكام المادة 4 من قانون تنظيم الإعفاءات الجمركية الصادرة بالقانون رقم 186 لسنة 1986 الخاصة بتحصيل ضريبة جمركية بفئة موحدة مقدارها 2% اثنان بالمائة من القيمة، وذلك على جميع ما تستورده من آلات ومعدات وأجهزة لازمة لإنشائها.
كما تسرى هذه الفئة الموحدة على جميع ما تستورده الشركات والمنشآت التى تعمل فى مشروعات المرافق العامة، من آلات ومعدات وأجهزة لازمة لإنشائها أو استكمالها.
ومع عدم الإخلال بأحكام الإفراج المؤقت المنصوص عليها فى قانون الجمارك الصادر بالقانون رقم 66 لسنة 1963، يكون للمشروعات الاستثمارية ذات الطبيعة الصناعية الخاضعة لأحكام هذا القانون استيراد القوالب والاسطمبات وغيرها من مستلزمات الإنتاج ذات الطبيعة المماثلة دون رسوم جمركية وذلك لاستخدامها فترة مؤقتة فى تصنيع منتجاتها، وإعادة تصديرها إلى الخارج.
ويكون الإفراج والإعادة إلى الخارج بموجب مستندات الوصول، على أن تسجل مستندات الدخول وإعادة الشحن فى سجلات تعد لهذا الغرض بالهيئة وذلك بالتنسيق مع وزارة المالية.
