ذكر قانون الجمارك الصادر برقم 207 لسنة 2020، أن أحكام القانون لا تلغى أو تخل بأحكام قانون المناطق الاقتصادية ذات الطبيعة الخاصة والصادرة بالقانون رقم 83 لسنة 2002، وذلك وفقا لما نصت عليه المادة الأولى من مواد الإصدار.
ونصت المادة الأولى من مواد الإصدار على أنه يعمل بأحكام قانون الجمارك دون الإخلال بالآتي :
١ - أحكام الاتفاقيات الدولية التي تكون جمهورية مصــر العــربية طــرفًا فيها، وكذا أحكام اتفاقيات مشروعات الكهرباء والبترول والتعدين .
٢ - الإعفاءات الجمركية المقررة بموجب القوانين الأخرى .
٣ - أحكام قـــانون المنــاطق الاقتصادية ذات الطبيعـــة الخــاصة الصادر بالقــــانون رقم 83 لسنة 2002.
٤ - أحكام قانون الاستثمار الصادر بالقانون رقم 72 لسنة 2017 .
