تعتبر كلية اللاهوت إحدى أهم المؤسسات التعليمية فى الكنيسة الأسقفية، تأسست عام 2005، وتشمل المنظومة التعليمية بها على 3 مستويات، يتضمن المستوى الأول كلية اللاهوت المركزية للإقليم تحت مسمى "القديس أثناسيوس" بمحافظة القاهرة والإسكندرية.
ويضم المستوى الثانى كليات الأبروشيات تحت مسمى القديس كبريانوس للاهوت بتونس وكلية القديس فيرمنتيوس فى جامبيلا بإثيوبيا، بالإضافة للمستوى الثالث حيث يشمل مركز المنيا للدراسات اللاهوتية ومعهد جبال النوبة للدراسات الكتابية بالقاهرة.
ويعتبر هدف كلية اللاهوت هو تدريب الخدام العلمانيين والمرشحين لأن يكونوا قساوسة من أجل خدمة الكنيسة بالإضافة لكونها كيان تعليمى للتدريب اللاهوتى، متعدد الجنسيات والمواقع والمستويات؛ تابع لإقليم الإسكندرية للكنيسة الأسقفية / الأنجليكانية، متخذًا الاسم العريق لمدرسة لاهوت الإسكندرية لإحياء التسمية الأصلية للتعليم المسيحى فى البطريركية الأولى بأفريقيا.
