ألزم قانون المالية العامة الموحد الجديد، كل جهة إدارية بإعداد نظام الرقابة الداخلية وفقا للمعايير المحاسبية والقواعد والإجراءات والمعايير التي تركز علي رفع كفاءة أداء الأعمال وتحقيق الأهداف الاستراتيجية للجهة، والتأكد من الالتزام بالسياسات الإدارية المنظمة للعمل داخل الجهة بما يكفل تنفيذ البرامج ووفقًا لمـا هو مخطط له وبما يكفل سلامة إعداد التقارير المـالية، والمحافظة على موجودات الجهة وحقوقها لدي الغير، مع إخطار الوزارة بهذا النظام، وتحدد اللائحة التنفيذية لهذا القانون الإجراءات الواجب اتباعها في هذا الشأن.
وتعد كل جهة من الجهات الإدارية سجلاً لكل من الأصول الثابتة، وموجودات المخازن، يتم تحديثهما بشكل دوري لأغراض المتابعة والرقابة، مع إظهار تكلفة كل منهما في نهاية السنة المـالية، ويرفق بيان بهذه الأصول والموجودات بالقوائم المـالية والحساب الختامي مع توضيح التغييرات التي طرأت عليها خلال السنة المـالية، وذلك وفقًا للأسس والقواعد التي تبينها اللائحة التنفيذية.
وعلي رئيس الجهة الإدارية تشكيل لجنة من العاملين بها لجرد الخزائن، وتحدد اللائحة التنفيذية ضوابط ذلك.
ويتولي ممثلو الوزارة بالجهات الإدارية فحص ومراجعة واعتماد التقارير المـالية الشهرية وربع السنوية والقوائم المـالية والحساب الختامي التي تعدها الوحدة الحسابية الواقعة تحت إشرافهم، في ضوء القواعد والتعليمات التي تصدرها الوزارة، وذلك قبل اعتمادها من رئيس الجهة الإدارية، ويكون إبداء ملاحظاتهم أو تحفظاتهم كتابة، وعلى الوحدة الحسابية العمل علي إجراء التعديل وفقًا لملاحظات وتحفظات ممثلي الوزارة.
وفي حال عدم توافق الآراء يتم الإفصاح في القوائم المـالية والحساب الختامي عن الملاحظات والتحفظات التي أبداها ممثلو الوزارة ولم تقم الجهة بتعديلها، وتخطر الوزارة والجهاز المركزي للمحاسبات بتلك الملاحظات والتحفظات مع ضرورة الفصل بينهما، وتعتبر جزءًا لا يتجزأ من القوائم المـالية والحساب الختامي .
