يعتبر المقر الباباوى الحالي في الكاتدرائية المرقسية بالعباسية من أكثر المقرات الباباوى التي عاصرت أباء الكنيسة الأرثوذكسية فمر عليها البابا كيرلس السادس والبابا شنودة الثالث والبابا تواضروس الثانى بابا الإسكندرية وبطريرك الكرازة المرقسية، ففى عصر البابا كيرلس السادس وبالتحديد فى 24 يوليو 1965 تم وضع حجر الأساس للكاتدرائية المرقسية الجديدة بأرض الأنبا رويس بالعباسية في حضور الرئيس الراحل جمال عبد الناصر.
وذكر الموقع الرسمي للكنيسة الأرثوذكسية أن الكاتدرائية المرقسية بالعباسية تم إفتتاحها رسميا للصلاة في 25 يونية 1968 في حفل مهيب حضره الرئيس الراحل جمال عبد الناصر وجلالة الإمبراطور هيلاسلاسي إمبراطور أثيوبيا الراحل.
وفى هذه الكاتدرائية أيضا تمت صلاة التجنيز علي روح قداسة البابا كيرلس السادس في 10 مارس 1971 ؛كما تم تجليس البابا شنودة الثالث البطريرك الـ 117 في 14 نوفمبر 1971 ؛ وأيضا صلاة التجنيز علي قداسته في 21 مارس 2012 ؛كما تم فيها أيضا رسامة البابا تواضروس الثاني البطريرك الـ 118- أطال الله حياته – في 18 نوفمبر 2012 .
