تعتبر كنيسة السيدة العذراء فى حارة زويلة المقر الباباوى الثالث فى تاريخ الكنيسة القبطية الأرثوذكسية بعد الإسكندرية والكنيسة المعلقة، ففى عصر البابا يؤانس الثامن البطريرك 80 (1300- 1320 م) تم نقل الكرسى البابوى من كنيسة السيدة العذراء المعلقة إلى كنيسة السيدة العذراء بحارة زويلة التى تأسست عام 350م؛ وعنها قال العلامة المقريزى (كنيسة عظيمة عند النصارى اليعاقبة؛ وهى على اسم "السيدة".
وقال على باشا مبارك فى خططه "نقلا عن أبو المكارم" إنه كان بحارة زويلة كنيسة عظمى جدابها من الأبنية المشيدة والأحجبة المطعمة بالعاج والآبنوس والتصاوير والنقوش المذهبة من عمل الصناع والمصورين المصريين الأقباط، وكان فى هذه الحارة كنيسة أخرىوكان من عادة قسوس الكنيسة الكبرى أن يحتفلوا رسميا 3 مرات فى كل سنة :
الأولى : يوم أحد الشعانين وهو الأحد الذى قبل عيد الفصح
والثانية : ثالث يوم من عيد الفصح
والثالثة : يوم عيد الصليب وهو اليوم السابع عشر من شهر توت
وبعد إقامة الصلاة الاحتفالية يخرجون من الكنيسة بالملابس الرسمية حاملين صحف الانجيل وتتقدمهم المباخر والصلبان وأغصان الزيتون والشموع الموقدة إلى خارج الدرب؛ ويقرأون الإنجيل ويرتلون ويهللون ويدعون للخليفة ووزيره، ثم يعودون إليها فيكملون نهارهم وينصرفون أما المؤرخ الإنجليزى بتلر فقال عنها ( هى بلا شك أقدم كنيسة فى مدينة القاهرة ؛وهى تقع على مسافة 14 قدما تحت مستوى المبانى المجاورة حاليا – وهذا يبرهن ما فيه الكفاية على أنها أثرية – ؛أما طولها فيبلغ حوالى 60 قدما ؛ ولقد أشار بتلر فى كتابه إلى "الأيقونة العجائبية" وهى تمثل السيدة العذراء حاملة السيد للسيد المسيح فى منظر نصفى بين فروع شجرة تنبع من ظهر يسى وحولها الأنبياء داخل دوائر.
