يضم مجلس كنائس مصر الكنائس الخمسة الأرثوذكسية والكاثوليكية والأسقفية والإنجيلية، حيث أنشئ يوم 18 فبراير 2013م، ومن الكاتدرائية المرقسية بالعباسية، وفى حضور رؤساء الكنائس المصرية، أعلن تأسيس مجلس كنائس مصر، كما أُعلن عن أهدافه، وطبيعته، وأعضائه. ويلاحظ أن هذا تم فى الشهور الأولى لبابوية قداسة البابا تواضروس الثانى.
وبدأت اللجنة التأسيسية للمجلس عملها قبل ذلك بنحو عامين، وذلك بمباركة ودعم مثلث الرحمات قداسة البابا شنودة الثالث، ويضم المجلس فى تأسيسه العائلات والكنائس الخمس الآتية:
1 - الكنيسة القبطية الأرثوذكسية .
2 - الطائفة الإنجيلية (الكنائس الإنجيلية) .
3 - الكنيسة الكاثوليكية (وعددها في مصر سبع كنائس وهي : الأقباط، السريان، الروم، اللاتين، الكلدان، الأرمن، الموارنة).
4 - كنيسة الإسكندرية للروم الأرثوذكس .
5 - الكنيسة الأسقفية بمصر .
وتعتبر الكنائس الأعضاء فى هذا المجلس كنائس مستقلة فى ذاتها، وفى نظامها، وفى عقائدها.
