يعتبر دير الأنبا بيشوى واحداً من أكبر الأديرة فى الكنيسة القبطية الأرثوذكسية في أواخر القرن الرابع الميلادي تأسس الدير تحت قيادة القديس الأنبا بيشوي كتجمع رهباني، ويشمل كنيسة الأنبا بيشوي وقلالي الرهبان وبئر مياه بدون أسوار. في أواخر القرن الخامس الميلادي أثناء حكم الإمبراطور زينون ويتكون من ثلاثة طوابق:
أ – الطابق الأول يشمل بئر مياه، ومطحنة غلال، ومعصرة زيت، ومخازن.
ب – الطابق الثاني وبه مدخل الحصن عن طريق كوبري متحرك ويوجد به فرن وكنيسة علي أسم القديسة العذراء مريم.
ج – الطابق الثالث وهو السطح وبه كنيسة علي اسم الملاك ميخائيل، ومغارتين.
في القرن التاسع الميلادي أقيمت الأسوار الحالية للدير علي مساحة حوالي 3 أفدنه.
في القرن الرابع عشر الميلادي قام البابا بنيامين الثاني البطريرك 82 الذي كان علي السدة البطريركية ما بين 1327 – 1339 م بعمل ترميمات واسعة للدير بسبب النمل الأبيض الذي عرض سقف الكنيسة للانهيار.
وكنوز الدير تتمثل في أجساد القديسين الموجودة حيث يوجد جسد القديس العظيم الأنبا ييشوي والأنبا بولا الطموهى في أنبوبة واحدة في المقصورة بالخورس الأول. أما عن كنائس الدير فيوجد في الدير كنيسة الأنبا بيشوي وتعتبر أكبر كنيسة في أديرة وادي النطرون، وبها:-
أ- المذبح الرئيسي علي أسم القديس الأنبا بيشوي
ب- المذبح البحري عل أسم القديسة العذراء مريم
ج- المذبح القبلي علي أسم القديس يوحنا المعمدان
ويوجد بها ثلاثة خوارس كما يوجد أنبل للتعليم في الخورس الثاني، وكنيسة الشهيد ابسخيرون القليني وتقع من الجهة القبلية من كنيسة الأنبا بيشوي، ويوجد بها ممر يؤدي إلي المعمودية المقدسة، ويوجد جزء من جسد الشهيد ابسخيرون في أنبوبة بداخل مقصورة في نفس الكنيسة، وكنيسة الأنبا بنيامين البابا 52 من الجهة البحرية من كنيسة الأنبا بيشوي وكنيسة الشهيد العظيم مار جرجس من الجهة الغربية القبلية.
كما توجد المائدة القديمة غرب الكنيسة، وبئر الشهداء أمام الكنيسة من الناحية البحرية وهي التي غسل فيها البربر سيوفهم بعد أن قتلوا 49 من الآباء الرهبان القديسين في دير القديس مكاريوس الكبير أثناء غارتهم الثالثة علي البرية سنة 444 م , وتذكار استشهادهم 26 طوبة. ويوجد أيضا الحصن الذي بني في أواخر القرن الخامس الميلادي أثناء حكم الإمبراطور زينون.
ويتكون من ثلاثة طوابق ويتوسط الدير حديقة واسعة يحيطها عدة مباني.
وقد تعهد قداسة البابا الأنبا شنوده الثالث بتعمير دير القديس الأنبا بيشوي فرسم له نيافة الأنبا صرابامون أسقفا ورئيسًا للدير سنة 1975م،وأسس مقرًا بابويا في الدير يقضي فيه بضعة أيام أسبوعيًا تقريبًا، وبفضل صلواتهما وعملهما الدائم زاد عدد الرهبان، كما أهتم بالتعمير والإنشاءات من قلالي "مساكن" للرهبان، ومكتبة ضخمة للإطلاع، وحفر الآبار وعمل الصهاريج لمياه الشرب، والاهتمام بالزراعة وتربية الماشية، وإنشاء مساكن للعمال وتوفير الرعاية الروحية والصحية لهم، وعمل عيادات وصيدلية وقصر بمنارة شاهقة ومضايف وبيوت خلوة للضيوف.كما تم بناء كاتدرائية كبيرة بالدير.
ومما يذكر أنه تم إعداد وعمل وطبخ زيت الميرون العديد من المرات في الدير.. لكي يوزع علي الكنائس بمصر والخارج، ومازال عمل الرب ينمو ويزداد في كنيسته المقدسة.
بركة القديسين الأنبا بيشوي و الأنبا بولا الطموهي اللذان حتى الآن تحدث الكثير من المعجزات من جسديهما الطاهرين، وبصلواتهما أمام عرش النعمة، بركة صلواتهما وشفاعتهما تكون معنا وتثبتنا في المسيح يسوع ولربنا المجد الدائم إلي الأبد آمين.
