يعد مركز المخطوطات أحد مراكز قطاع التواصل الثقافى بمكتبة الإسكندرية، ويهدف إلى سبر أغوار التراث العربى والإسلامى المخطوط؛ فهرسةً وتحقيقًا ودراسة.
ويضم المركز مجموعاتٍ متنوعةً من المخطوطات، منها المخطوطات الأصلية، وعلى رأسها مجموعةُ مكتبة بلدية الإسكندرية، بالإضافة إلى المجموعات المهداة، وهى: مجموعة مخطوطات الشيخ الحصري، ومخطوطات جمعية تحفيظ القرآن بدمنهور، ومصورات مكتبة مالطا، ومخطوطات مهداة من الأفراد.
ويضم القسمُ أيضًا قاعةً للاطلاع تضم أمهات المصادر التراثية المطبوعة التى يحتاج إليها الدارسون والباحثون فى شتى مجالات العمل التراثى، كذلك تضم المكتبة متحف المخطوطات في نطاق تركيز جميع الجهود والموارد البشرية والمادية لتصبَّ فى خدمة الزائرين والباحثين. ويهدف إلى التعريف بالذخائر التراثيَّةِ ونوادرِ المخطوطاتِ والكتبِ وحفظِها والعناية بها بشكل علمي سليم، وذلك لجميع الفئات العمرية فى المجتمع. ويهدف أيضًا إلى التعاون والتبادل العلمى فى مجالِ المخطوطاتِ مع المتاحفِ والمراكز المناظرةِ في دولِ العالم.
ويضم المتحف مخطوطات أيضًا كتبا يرجع تاريخها إلى ألف عام، حيث يحتوى المتحف على 120 مخطوطة وكتاب تراثى قديم، وشهد المتحف زيارة العديد من رؤساء دول العالم مؤخرا، نظرا للأهمية التاريخية والتراثية للمتحف، وتعد مخطوطة البوستى أقدم مخطوطة بالمتحف ويعود تاريخها إلى عام 978 م، وتلك المخطوطة حاليا فى معمل الترميم.
وتضم نسخة طبق الأصل لطريقة دفن الموتى، ونسخة من كتاب وصف مصر، ونسخة طبق الأصل من التوراة مكتوبة على ورق الرق و هو جلد الماعز، وهى نسخ قديمة من القرآن الكريم مزينة بماء الذهب و النقوش الإسلامية الرائعة.
وتلك المخطوطة عبارة عن نسخة من الإنجيل تضم نصوص العهد الجديد، والورقة الأولى منها مذهبة بالكامل وباقى الأوراق لا تخلو من الزخارف المذهبة، وكتبت تلك المخطوطة بقلم النسخ مشكلة بالكامل وبها فواصل حمراء وخروم مفككة التجليد، والمخطوة تعود إلى سنة 1353 قبطية، وهو تاريخ يستخدمه أقباط مصر بداية من عصر الشهداء ويقل عن التاريخ الميلادى بمقدار 284 سنة، حيث كتبت تلك المخطوطة عام 1637 م، وتتكون من 234 ورقة.
كذلك يضم مخطوطة الكواكب الدرية، وهى عبارة عن نسخة بديعة من قصيدة (الكواكب الدرية فى مدح خير البرية) للبوصيرى المتوفى عام 694 هجرية، وتعرف تلك القصيدة باسم "البردة"، ولا تنافسها فى الشهرة من قصائد المديح النبوى سوى قصيدة كعب بن زهير "بانت سعاد"، والمخطوطة كتبت وزخرفت لخزينة السيدة عائشة بنت إسماعيل الخازن وهى ملونة الأسطر ومذهبة ومكتوبة بخط الثلث فى القرن العاشر الهجرى تقريبا، وكتبت فى سنة 1051 هجرية وتتكون من 29 ورقة.
