يهدف جهاز حماية وتنمية البحيرات والثروة السمكية، للحفاظ على البحيرات وذلك من خلال وضع السياسة العامة لحمايتها وتنميتها ومنع التعدى عليها وتطويرها.
وفيما يلى نستعرض أهداف الجهاز وفقا لما ورد بقانون حماية وتنمية البحيرات والثروة السمكية، وفيما يلى نستعرض أهداف الجهاز وفقا لما ورد فى القانون.
يهدف الجهاز إلى حماية وتنمية واستغلال البحيرات وبواغيزها وسياحاتها وشواطئها وحرمها، وحماية وتنمية الثروة السمكية والأحياء المائية بقصد تنمية الاقتصاد القومى ، وللجهاز فى سبيل تحقيق أهدافه القيام بما يراه لازمًا من أعمال وعلى الأخص ما يلى :
- وضع السياسة العامة لحماية وتنمية البحيرات وبواغيزها وشواطئها وحرمها من التعدى والتلوث ، ووضعها موضع التنفيذ ، وتطويرها .
- استغلال إمكانيات البحيرات وبواغيزها وشواطئها وحرمها ومواردها وتنميتها وإجراء البحوث والدراسات اللازمة لذلك وله أن يستعين فى ذلك بالجهات الأخرى المتخصصة سواء كانت وطنية أم أجنبية ، وإعداد المشروعات الاقتصادية والاجتماعية اللازمة لحماية وتنمية تلك البحيرات وشواطئها وحرمها فى ضوء نتائج تلك البحوث والدراسات وتنفيذ هذه المشروعات أو إسناد تنفيذها للغير ومتابعتها .
- منح الموافقات على إقامة المشروعات ذات النفع العام التى تقوم بها جهات أخرى فى حدود اختصاصها إذا ترتب عليها اقتطاع أجزاء من البحيرات وشواطئها وحرمها بعد أخذ موافقة جهاز شئون البيئة .
- العمل على حماية وتنمية الثروة السمكية ومصادرها ، والإشراف على تنفيذ قوانين الصيد والقرارات المنفذة لها.
- وضع الخطط المتعلقة بمشروعات الثروة السمكية والتصنيع السمكى ووضع التصميمات الخاصة بها ، وتنفيذ ما تطلبه المحافظات أو الجهات ذات الصلة من هذه المشروعات إما بالذات أو عن طريق جهات أخرى.
