تضمن قانون الموارد المائية والرى الجديد ضوابط صارمة بشأن التعامل مع المجارى المائية للحفاظ على القنوات المائية وماية الشواطئ، فعلى سبيل المثال نص على تشكيل لجنة عليا للنظر في الطلبات المقدمة للحصول على تراخيص جديدة بأعمال أو إشغالات داخل منطقة الحظر للشواطئ البحرية من ممثلى الجهات المعنية ذات الصلة من شاغلى الدرجة العالية على الأقل ، ويصدر قرار من رئيس مجلس الوزراء بتشكيل اللجنة ونظام عملها وتحديد اختصاصاتها .
وترفع اللجنة توصياتها للوزير لاعتمادها ، ويعتبر اعتماد الوزير لأعمال اللجنة ملزمًا للجهات الإدارية الأخرى وتلغى أى لجان مشكلة بالمحافظات وغيرها في هذا الشأن وتنظم اللائحة التنفيذية الإجراءات والشروط الواجب اتباعها .
ونص أيضا، على أنه مع عدم الإخلال بأحكام القانون رقم 48 لسنة 1982 في شأن حماية نهر النيل والمجارى المائية من التلوث ، لا يجوز بغير ترخيص من الوزارة القيام بأى من الأعمال الآتية :
- الصرف في ترعة عامة أو شبكة صرف مغطى أو في مخر سيل .
- الرى بمياه الصرف الزراعى إذا لم يتوفر له مصدر رى آخر .
- مرور إحدى الآلات المتحركة ذات الأحمال الثقيلة على الجسور أو منشآت الرى والصرف ومنشآت الحماية من أخطار السيول التابعة للوزارة إذا كان من شأن ذلك الإضرار بالجسور أو منشآت الرى والصرف والحماية من أخطار السيول .
ولا يجوز بغير ترخيص من الوزارة وموافقة وزارة الصحة والسكان رى المحاصيل الزراعية بمياه الصرف الصحى أو الصناعى المعالجة .
