يعتبر مجلس الكنيسة من أهم المسئوليات والأدوار التى تتمع بها الكنيسة حيث تساعد فى مهام الأب الكاهن، فتعين الرئاسة الكنسية فى الكنيسة الأرثوذكسية، بالتشاور مع آباء كهنة الكنيسة الأرثوذكسية رئيسًا للمجلس من بين الأعضاء المنتخبين والمعينين، وينتخب أعضاء المجلس فى الجلسة الأولى من بين أعضائه كل من نائب الرئيس والسكرتير، بالإضافة إلى المسئول المالى وأمين الصندوق، كما تبلغ عضوية المجلس 4 سنوات ويجوز لمن انتهت عضويته بمجلس الكنيسة إعادة الترشيح لمدة واحدة.
يتكون مجلس الكنيسة من أعضاء أتقياء بعضهم منتخبين من المسيحيين، والبعض الأخر معينين من الرئاسة الكنسيّة، ويتكون المجلس من عدد فردى من الأعضاء لا يقل عن خمسة أعضاء ولا يزيد عن أحد عشر عضوا وفقًا لاحتياجات الخدمة بكل كنيسة، وتقرر ذلك الرئاسة الكنسية، وتكون نسبة الأعضاء المنتخبين 70% من إجمالى الأعضاء، ونسبة الأعضاء المعينين من الرئاسة الكنسية 30% من إجمالى الأعضاء، على أن يجبر الكسر لصالح الأعضاء المعينين، على أن يكون أمين عام الخدمة بالكنيسة عضوًا بصفته.
ويراعى فى تكوين مجلس الكنيسة أن يتوافر فى أعضائه تنوع الخبرات فى المجالات الهندسية والقانونية والمالية والإدارية وغيرها وأيضا يراعى تمثيل كل من المرأة والشباب فى المجلس.
وفى حالة حدوث أى مشكلة فى عملية التصويت تؤثر على النتيجة، يحق للرئاسة الكنسية تعيين أعضاء المجلس بالكامل.
