حدد قانون تنظيم زرع الأعضاء البشرية عقوبة رادعة على جرائم مخالفة ضوابط وأحكام زراعة ونقل الأعضاء، فينص على عقوبة السجن المشدد وغرامة ما بين 500 ألف إلى مليون جنيه، لكل من نقل عضو بشري أو جزء منه بقصد الزرع بالمخالفة لمواد القانون، وإذا وقع هذا الفعل على نسيج بشرى حى تكون العقوبة السجن لمدة لا تزيد على عشر سنوات، وإذا ترتب على الفعل المشار إليه وفاة المتبرع تكون العقوبة السجن المؤبد وغرامة لا تقل عن 500 ألف جنيه ولا تزيد على مليون جنيه.
كما يعاقب القانون بالسجن المشدد وغرامة من 1 إلى 2 مليون جنيه لكل من أجرى أو ساعد في إجراء عملية من عمليات النقل أو الزرع في غير المنشآت الطبية المرخص لها مع علمه بذلك، وإذا ترتب على الفعل وفاة المتبرع أو المتلقى تكون العقوبة السجن المؤبد، ويعاقب بذات العقوبة المدير المسئول عن الإدارة الفعلية للمنشأة الطبية غير المرخص لها.
وينص أيضا على عقوبة السجن المؤبد وغرامة لا تقل عن مليون جنيه ولا تزيد على مليونى جنيه كل من نقل بقصد الزرع أو زرع العضو المنقول بطريق التحايل أو الإكراه، وأن تطبق ذات العقوبة إذا وقع الفعل على جزء من عضو إنسان حي، وإذا وقع الفعل المُشار إليه على نسيج بشرى تكون العقوبة السجن المشدد.
وتضمن أن تكون العقوبة الإعدام إذا ترتب على الفعل المٌشار إليه فى الفقرة السابقة وفاة المنقول منه أو إليه، والسجن المشدد وغرامة بين 500 ألف ومليون جنيه لكل من خالف أيا من الأحكام الواردة فى المادة (6) من هذا القانون.
كما يعاقب بمصادرة المال أو الفائدة المادية أو العينية المتحصلة من الجريمة أو الحكم بقيمته في حال عدم ضبطه، ولا تزيد العقوبة على السجن لمدة عشر سنوات لكل من نقل أو زرع نسيجاً بالمخالفة لحكم المادة (6) من هذا القانون.
وينص على عقوبة السجن 5 سنوات وغرامة تصل لـ300 ألف جنيه أو بإحدى العقوبتين كل من خالف أي حكم آخر من أحكام هذا القانون، ويكون للمحكمة أن تحكم بالحرمان من مزاولة المهنة لمدة تتراوح بين 3 إلى 10 سنوات.
ويقضي القانون بغلق المنشأة الطبية غير المرخص لها بإجراء عمليات زرع الأعضاء البشرية لمدة من 3 إلى 10 سنوات، ويحكم بغلق المنشأة نهائيا إذا لم تكن من المنشآت الطبية، ووقف الترخيص الصادر للمنشأة لإجراء أي عمليات منصوص عليها بهذا القانون مدة من 3 إلى 10 سنوات.
