تذخر الكنيسة القبطية الأرثوذكسية بعدد كبير من الباباوات الذين جلسوا على كرسى مارمرقس الرسول، حيث وصل عدد البطاركة منذ أيام مارمرقس الرسول حتى اليوم 118 بطريركًا (بابا)، والبابا الحالى هو الأنبا تواضروس الثانى بابا الإسكندرية وبطريرك الكرازة المرقسية.
وبحسب التقليد العام للكنيسة القبطية الأرثوذكسية، فإن كلمة بطريرك تُطلق كذلك على كل تلميذ من تلاميذ المسيح؛ سواء من التلاميذ الإثنى عشر الأوائل أو على السبعين تلميذاً رغم ظهور هذا اللفظ لأول مرة بأمر من الإمبراطور ثيودوسيوس الثانى بإطلاقه على أسقف روما والذي يعني "أب الآباء"، وبالقياس فباعتبار أن مرقس هو المؤسس للكنيسة فهو البطريرك الأول لكرسي الإسكندرية.
ويعود تاريخ هذا المنصب إلى مارمرقس الرسول حيث يعد مؤسس الكنيسة المصرية القبطية ومن ثم فأنه البطريرك "البابا" الأول لها، وكان ياروكلاس البطريرك الثالث عشر أول بطريرك لقب بـــــلقب الـ"بابا" بسبب محبة الشعب والكهنة له، وقد تعاقب على هذا المنصب حتى الآن 118 بابا أخرهم البابا تواضروس الثانى، بابا الإسكندرية وبطريرك الكرازة المرقسية وهو أعلى سلطة روحية وتنفيذية فى الكنيسة القبطية الأرثوذكسية، وتشمل ولاية بطريرك الإسكندرية وفق تقسيم مجمع نيقية كلاً من مصر والسودان والحبشة وليبيا، وبحكم الهجرة التى ظهرت منذ القرن التاسع عشر أصبح للبابا سلطة على ما يعرف باسم "أبرشيات الاغتراب".
وفى اختيار البطريرك "البابا"، وهو ما تنص عليه لائحة 1957 التى باتت تحدد شروط ترشيح وانتخاب بطريرك الأقباط الأرثوذكس، حيث صدرت هذه اللائحة بعد وفاة البابا يوساب بعام، وتم على أساسها انتخاب البابا كيرلس السادس - السابق للبابا شنودة الثالث - عام 1959، وانتخب على أساسها أيضًا البابا شنودة الثالث عام 1971.
