يعتبر مسار العائلة المقدسة في مصر، رحلة مليئة بالمعاناه وبالرغم من ذلك فهي أيضا رحلة ملأت الأرض بركة وجمالا، وكما ذكر موقع الكنيسة القبطية الأرثوذكسية، فبدأت الرحلة من فلسطين، إلى مصر عن طريق الهضاب والصحاري، وليس عبر إحدى الطرق المتعارف عليها –ثلاثة طرق حينها- وذلك لأنهم كانوا هاربين من وجه هيرودس الملك، حتى وصلوا إلى حدود مصر في محطتهم الأولى، وهي:
1- الفرما: سارت العائلة المقدسة من بيت لحم إلى غزة حتى محمية الزرانيق (الفلوسيات) غرب العريش بـ 37 كم ، ودخلت مصر عن طريق الناحية الشمالية من جهة الفرما (بلوزيوم) الواقعة بين مدنيتي العريش و بورسعيد .
2- تل بسطة: دخلت العائلة المقدسة مدينة تل بسطا (بسطة) بالقرب من مدينة الزقازيق بمحافظة الشرقية وأساء أهل المدينة معاملتهم فتركوها ومضوا.
3- المحمة (مسطرد حاليا): كانت اسمها المحمة لأنها كانت مكان الاستحمام، وفيها أحمت العذراء المسيح، وغسلت ملابسه، بها نبع ماء وهو مازال موجودا.
4- بلبيس: تابعة لمحافظة الشرقية واستظلت العائلة المقدسة عند شجرة، عرفت باسم "شجرة العذراء مريم"، ومرت العائلة المقدسة على بلبيس أيضاً في طريق عودتها.
5- منية سمن ود أو سمنود حاليا: استقبلهم شعبها بصورة جيدة، فباركهم المسيح ويوجد بها ماجور كبير من حجر الجرانيت، يقال أن السيدة العذراء عجنت به أثناء وجودها، ويوجد أيضاً بئر ماء باركه المسيح.
6- سخا: أهم المناطق الآثرية بها الآن دير المغطس.
7- وادي النطرون: انطلقت العائلة في رحلتها إلى وادي النطرون، وعبرت النيل، عبر فرع رشيد، وقد بارك المسيح والعذراء هذا المكان.
8- المطرية: عبرت العائلة مرة أخرى النيل للذهاب إلى المطرية، وعين شمس، وكانت توجد في هذا المكان شجرة، استظلوا بها من حر الشمس، وتعرف حتى اليوم باسم "شجرة مريم"، وانبع المسيح نبع ماء وشرب منه، وغسلت فيه العذراء ملابسه.
9- مصر القديمة: يوجد بها العديد من الأماكن التي زارتها العائلة المقدسة وتحولت فيما بعد إلى كنائس، ولم تظل العائلة فيها طويلا.
10- المعادي (منف): وصلت إلى منطقة المعادي للسفر إلى الصعيد عبر النيل، وسميت المعادي، لأن العائلة المقدسة “عدت” –أي عبرت- منها، ومازال السلم الذي نزلت عليه العائلة المقدسة إلى النيل موجودا.
11- دير الجرنوس (مغاغة): وفيها بئر شربت منه العائلة المقدسة، وما زال حتى الآن.
12- البهنسا: وفيها مرت العائلة المقدسة على بقعة تسمي اباي ايسوس (بيت يسوع) شرقي البهسنا ومكان الآن قرية صندفا – بني مزار، وقرية البهنسا الحالية تقع على مسافة 17 كم غرب بني مزار التابعة لمحافظة المنيا.
13- سمالوط (جبل الطير): تابعة لمحافظة المنيا حاليا، واستقرت العائلة المقدسة في المغارة الأثرية الموجودة في الكنيسة بجبل الطير.
14- الأشمونين: وصلتها العائلة المقدسة بعد عبورها إلى الناحية الغربية، باركت العائلة المقدسة الأهالي.
15- ديروط (تابعة محافظة أسيوط).
16- قسقام (القوصية) تابعة لمحافظة أسيوط: وبها الدير المحرق، طردهم أهلها.
17- مير، "غرب القوصية": حيث هربت العائلة من أهالي قرية “قسقام”، وقد أكرمهم أهلها، وباركهم المسيح.
18- دير المحرق : بعد أن ارتحلت العائلة المقدسة من قرية مير اتجهت الى جبل قسقام وهو يبعد 12كم غرب القوصية، ويعتبر الدير المحرق من اهم المحطات التى استقرت بها العائلة المقدسة ويشتهر هذا الدير باسم "دير العذراء مريم"، تعتبر الفترة التي قضتها العائلة في هذا المكان من أطول الفترات ومقدارها " 6 شهور و 10 أيام" وتعتبر المغارة التي سكنتها العائلة هي أول كنيسة في مصر بل في العالم كله.
19- جبل درنكة: بعد أن ارتحلت العائلة المقدسة من جبل قسقام اتجهت جنوباً إلى أن وصلت إلى جبل أسيوط حيث يوجد دير درنكة حيث توجد مغارة قديمة منحوتة في الجبل أقامت العائلة المقدسة بداخل المغارة ويعتبر دير درنكة هو أخر المحطات التي قد التجأت إليها العائلة المقدسة فى رحلتها فى مصر، و جاء الامر ليوسف النجار في حلم بضرورة عودته إلى فلسطين مرة أخرى.
20- العودة: انطلقت العائلة في رحلتها عائدة من الصعيد حتى وصلوا إلي مصر القديمة ثم المطرية ثم المحمة ومنها إلي سيناء ففلسطين حيث يسكن القديس يوسف والعائلة المقدسة في قرية الناصرة بالجليل.
