يعتبر خلط المخلفات ببعضها من الأمور التي منعها القانون، حيث حظر قانون تنظيم إدارة المخلفات خلط أى صنف من المخلفات مع بعضه البعض إلا بعد الحصول على الموافقة من الجهات المختصة، وفقا للاشتراطات والمعايير التى يتم تحديدها لجمع ونقل وإعادة استخدام ومعالجة تلك المخلفات والتخلص النهائى منها.
وأجاز القانون، للجهة الإدارية المختصة بنفسها أو بالمساهمة مع الغير تأسيس شركة بغرض تنفيذ أى من خدمات الإدارة المتكاملة للمخلفات طبقًا لأحكام القانون رقم 127 لسنة 2015 بالترخيص لأشخاص القانون العام بتأسيس شركات مساهمة، وفى جميع الأحوال على تلك الشركات أن تحصل على التراخيص اللازمة فى هذا الشأن وذلك بعد موافقة الجهاز، ومع عدم الإخلال بأى مزايا أو ضمانات منصوص عليها فى أى قانون آخر، يسرى على الشركات والمنشآت التى يكون غرضها الرئيس القيام بعمليات الإدارة المتكاملة للمخلفات ذات المزايا والضمانات والإعفاءات والحوافز المنصوص عليها فى قانون الاستثمار الصادر بالقانون رقم 72 لسنة 2017.
ومع عدم الإخلال بأحكام قانون الاستثمار الصادر بالقانون رقم 72 لسنة 2017، يجوز للمنشآت والشركات والأشخاص المرخص لهم بممارسة نشاط من أنشطة الإدارة المتكاملة للمخلفات تخصيص نسبة لا تجاوز (10%) من أرباحهم السنوية الصافية لدعم وتعزيز منظومة الإدارة المتكاملة للمخلفات.
