فى عام 1997 وفى قمة شهرتها وتألقها وأثناء عرض مسرحية "عطية الإرهابية" قررت الفنانة الكبيرة سهير البابلى التى تمر اليوم ذكرى رحيلها الثالثة اعتزال الفن وارتداء الحجاب، وفاجأت الجميع بهذا القرار.
وفى تصريحات سابقة، قالت البابلى عن قرار الاعتزال إنها كانت ترى ابنتها الوحيدة نيفين الناقورى التى تشبهها كثيرًا وقد ارتدت الحجاب وتحرص على دراسة وحفظ القرآن وتدريسه، فقررت ارتداء الحجاب والاعتزال عام 1997.
وفى حوار تلفزيونى للفنانة الكبيرة سهير البابلى كشفت أنها كانت تلتقى بالشيخ الشعراوى والدكتور مصطفى محمود، وتسأل كثيرا عن أمور الدين، وكان الشيخ الشعراوى يناديها باسم «سكينة»، وفى إحدى المرات قابلها الشيخ الشعراوى فى الحج وقال لها: «وماله لو مثلتى وإنتى بالزى ده، وتوصلى رسالة مفيدة وهادفة للناس، الناس بتشوف التليفزيون أكتر ما بتروح الجامع، وممكن تسمع منك أكتر ما تسمع منى».
وبعد اعتزالها لمدة تجاوزت تسع سنوات قررت سهير البابلى العودة للتمثيل بشروط، فقدمت مسلسل "قلب حبيبة" عام 2005 مرتدية الحجاب، وبعده دخلت البابلى تجربة فنية أخرى فى مسلسل «قانون سوسكا» ولكنه لم يكتمل بسبب مشكلات الإنتاج.
وحتى قبل رحيلها كانت الفنانة سهير البابلى تتلقى عروضًا بتقديم برامج اجتماعية إذاعية وتليفزيونية ولم ترفض الفنانة العودة للتمثيل ولكنها كانت تشترط أن يكون العمل هادفًا يخلو من الإسفاف، كما أنها لم تحرم الفن ولم تنصب نفسها حكماً أو واعظة لغيرها، وكانت تعتز بأعمالها الفنية حتى رحيلها.