حدد قانون تنمية المشروعات المتوسطة والصغيرة ومتناهية الصغر، ولائحته التنفيذية ، ضوابط الحصول على شهادة التمتع بالحوافز المقررة بالقانون، حيث نصت المادة 94 من اللائحة التنفيذية على أن يختص الرئيس التنفيذي للجهاز، أو من يفوضه، بإصدار شهادة للتمتع بالحوافز الواردة في القانون، وتعتبر هذه الشهادة نهائية ونافذة بذاتها دون الحاجة إلى موافقة جهات أخرى، ويتعين على جميع الجهات العمل بموجبها والالتزام بما ورد بها من بيانات، وذلك كله وفقا للضوابط والإجراءات الآنية :
1- أن يكون المشروع من ضمن المشروعات الخاضعة لأحكام القانون .
2 - تعهد صاحب المشروع بصحة البيانات وإلا تعرض للعقوبات الواردة بالباب الثامن من القانون .
3 - تعهد صاحب المشروع في حالة تغيير البيانات أن يتقدم للجهاز لتعديلها .
4 - أن يكون المشروع مقيدا في السجل المخصص لتصنيف المشروعات بالجهاز .
5 - سريان الشهادة لمدة عام ميلادي واحد وتجدد سنويا بعد التحقق من تصنيف المشروع .
6- أن يكون الحافز من ضمن الحوافز المنصوص عليها بالقانون.
7 - ألا يكون المشروع قد تمنع بحافز مثيل من الحوافز الواردة بقانون الاستثمار المشار إليه .
وفقا لعدد من الإجراءات الآتيه :
1- يتقدم صاحب المشروع بطلب الحصول على الشهادة .
2- يقوم صاحب المشروع بتسجيل بيانات المشروع
3 - يتقدم صاحب المشروع بطلب للحصول على الحافز / الإعفاء الضريبى.
4 - التأكد من مطابقة شروط/ ضوابط الحافز، ومادی استحقاقه للحصول عليها .
5- يجوز للجهاز إصدار خطاب للجهة المختصة بما يفيد انطباق شروط الحوافز.
6- قيام الجهة بالرد خلال خمسة عشر يوما، بما يفيد وجود مانع من تمتع المشروع بالحافز وعدم الرد خلال المدة الموضحة بعد إفادة بالقبول، وتصدر شهادة التمتع بالحوافز حال ورود رد الجهة بعدم الممانعة.