يضم المتحف القبطى أكبر عدد من المقتنيات المتعلقة بتاريخ الكنيسة، حيث يقع داخل حدود حصن بابليون الرومانى الذى يعتبر من أشهر وأضخم الآثار الباقية للإمبراطورية الرومانية فى مصر، بالقرب من مجموعة كنائس مصر القديمة (كنيسة أبى سرجة، وكنيسة السيدة العذراء الشهيرة "بالمعلقة"، بالإضافة إلى المعبد اليهودى).
وذكر الموقع الرسمى للكنيسة القبطية الأرثوذكسية أنه تم إنشاء المتحف القبطى خلال عام 1910م، وكان الغرض من إنشائه جمع الآثار والوثائق التى تسهم فى إثراء دراسة الفن القبطى فى مصر.
وتبلغ مساحة المتحف الكلية شاملة الحديقة والحصن حوالى 8000 م وهى أرض وقف تابعة للكنيسة القبطية الأرثوكسية قدمها البابا كيرلس الخامس الـ 112، وقد تم تطويره بجناحيه القديم والجديد والكنيسة المعلقة عام 1984 م.
ويعد هذا المتحف أكبر متحف فى العالم للآثار القبطية، ويتكون من جناحين يربط بينهما ممر؛ الجناح القديم الذى شيده مرقص سميكة باشا فى عام 1910م، والجناح الجديد الذى افتتح فى عام 1947م.
ويبلغ عدد المقتنيات بالمتحف القبطى حوالى 16000 مقتنى وقد رتبت مقتنيات المتحف تبعا لنوعياتها إلى اقسام عرضت عرضا علميا فيه الترتيب الزمنى قدر الإمكان
ويضم الجناح القديم للمتحف مجموعة من قطع الاثاث الخشبية والأبواب المطعمة. كما يضم الباب المصنوع من خشب الجميز الخاص بحامل أيقونات كنيسة القديسة بربارة والألواح يمكن تمييزها حيث قاموا بتركيبها فى العصر الفاطمى أثناء القرن الحادى عشر والثانى عشر.
ويضم الجناح الجديد مجموعة تُظهر مختلف الأنواع والطرز والموضوعات، مثل التصميمات الهندسية، لفائف نبات الاكانتس وأوراق العنب، وافريزات مزدانة بأرانب، طواويس، طيور، والانشطة الريفية، مرورا بالتراث الهيللينستى والقبطى حتى الصيغ الفنية الإسلامية فى مصر. ويضم المتحف القبطى مخطوطات للكتاب المقدس تعود لآلاف السنين وهو عبارة عن تحفة معماري.
وظل المتحف القبطى تابعاً للبطريركية القبطية حتى عام 1931 ثم أصبح تابعاً لوزارة الثقافة المصرية، ويتراوح متوسط عدد الزائرين يوميا من 200 إلى 250 فرد من جنسيات مختلفة.
