يعتبر دير الأنبا بيشوى واحداً من أكبر الأديرة الأثرية فى تاريخ الكنيسة القبطية الأرثوذكسية فى أواخر القرن الرابع الميلادى، فقد تأسس الدير تحت قيادة القديس الأنبا بيشوى كتجمع رهبانى، ويشمل كنيسة الأنبا بيشوى وقلالى الرهبان وبئر مياه بدون أسوار.
وفى أواخر القرن الخامس الميلادة أثناء حكم الإمبراطور زينون ويتكون من 3 طوابق:
أ – الطابق الأول يشمل بئر مياه، ومطحنة غلال، ومعصرة زيت، ومخازن.
ب – الطابق الثاني وبه مدخل الحصن عن طريق كوبري متحرك ويوجد به فرن وكنيسة علي أسم القديسة العذراء مريم.
ج – الطابق الثالث وهو السطح وبه كنيسة علي اسم الملاك ميخائيل، ومغارتين.
وفى القرن التاسع الميلادى أقيمت الأسوار الحالية للدير على مساحة حوالى 3 أفدنه.
وفى القرن الرابع عشر الميلادي قام البابا بنيامين الثاني البطريرك 82 الذي كان علي السدة البطريركية ما بين 1327 – 1339 م بعمل ترميمات واسعة للدير بسبب النمل الأبيض الذي عرض سقف الكنيسة للانهيار.
وكنوز الدير تتمثل في أجساد القديسين الموجودة حيث يوجد جسد القديس العظيم الأنبا ييشوي والأنبا بولا الطموهى في أنبوبة واحدة في المقصورة بالخورس الأول. أما عن كنائس الدير فيوجد في الدير كنيسة الأنبا بيشوي وتعتبر أكبر كنيسة في أديرة وادي النطرون، وبها:-
أ- المذبح الرئيسي علي أسم القديس الأنبا بيشوي
ب- المذبح البحري عل أسم القديسة العذراء مريم
ج- المذبح القبلي علي أسم القديس يوحنا المعمدان
ويوجد بها ثلاثة خوارس كما يوجد أنبل للتعليم في الخورس الثاني، وكنيسة الشهيد ابسخيرون القليني وتقع من الجهة القبلية من كنيسة الأنبا بيشوي، ويوجد بها ممر يؤدي إلي المعمودية المقدسة، ويوجد جزء من جسد الشهيد ابسخيرون في أنبوبة بداخل مقصورة في نفس الكنيسة، وكنيسة الأنبا بنيامين البابا 52 من الجهة البحرية من كنيسة الأنبا بيشوي وكنيسة الشهيد العظيم مار جرجس من الجهة الغربية القبلية.
كما توجد المائدة القديمة غرب الكنيسة، وبئر الشهداء أمام الكنيسة من الناحية البحرية وهي التي غسل فيها البربر سيوفهم بعد أن قتلوا 49 من الآباء الرهبان القديسين في دير القديس مكاريوس الكبير أثناء غارتهم الثالثة علي البرية سنة 444 م , وتذكار استشهادهم 26 طوبة. ويوجد أيضا الحصن الذي بني في أواخر القرن الخامس الميلادي أثناء حكم الإمبراطور زينون.
ويتكون من ثلاثة طوابق ويتوسط الدير حديقة واسعة يحيطها عدة مباني.
