منح قانون تنمية المشروعات المتوسطة والصغيرة، العديد من الحوافز الضريبية للمشروعات المتوسطة والصغيرة ومتناهية الصغر، حيث تعفى المشروعات ومشروعات الاقتصاد غير الرسمى التى تتقدم بطلب لتوفيق أوضاعها وفقا لأحكام الباب السادس من هذا القانون من ضريبة الدمغة ومن رسوم التوثيق والشهر لعقود تأسيس الشركات والمنشآت وعقود التسهيلات الائتمانية والرهن المرتبطة بأعمالها وغير ذلك من الضمانات التى تقدمها المشروعات للحصول على التمويل.
ووفقا للقانون يكون الإعفاء لمدة خمس سنوات من تاريخ قيدها فى السجل التجارى، كما تعفى من الضريبة والرسوم المشار إليها عقود تسجيل الأراضى اللازمة لإقامة تلك المشروعات ، وفى نفس الوقت تحصل ضريبة جمركية بفئة موحدة مقدارها (2 %) من القيمة على جميع ما تستورده المشروعات من آلات ومعدات وأجهزة لازمة لإنشائها، عدا سيارات الركوب، وذلك اعتبارا من تاريخ العمل بهذا القانون ووفقا للضوابط والإجراءات التى يصدر بها قرار من وزير المالية بعد العرض على مجلس الإدارة .
وتعفى الأرباح الرأسمالية الناتجة عن التصرف في الأصول أو الآلات أو معدات الإنتاج للمشروعات الخاضعة لأحكام هذا القانون من الضريبة المستحقة إذا تم استخدام حصيلة البيع في شراء أصول أو آلات أو معدات إنتاج جديدة خلال سنة من تاريخ التصرف ، وذلك وفقا للشروط والضوابط والإجراءات التي تحددها اللائحة التنفيذية لهذا القانون، ويجوز لمجلس الوزراء بناء على عرض مجلس الإدارة الإعفاء الكلى أو الجزئي من الضريبة على العقارات المبنية على الوحدات الخاصة بالمنشآت الصغيرة والمتناهية الصغر وذلك لمدة أو مدد محددة يقدرها مجلس الإدارة أو مجلس الوزراء .
