قال الدكتور محمد داود، المشرف على موسوعة بيان الإسلام، إن أساس مشكلة الملحد، أنّه يحاول أن يفهم الأمور بغير منهجيّة متماسكة، وبغير قواعد ضابطة، إنّه كشخص يريد أن يفهم الفيزياء بدون فهم الرياضيات، أو شخص يريد أن يفهم السياسة بدون فهم تاريخ الوطن الماضى والحاضر .
وأضاف: ولهذا ترى الملحدَ يُعلّق إلحاده على أشياء يحسبها حقائق وما هى إلا أوهام فارغة.. الملحد يرفض أن يفهم أنّه ليس المهم أن يفكر، ولكن المهم والأهم هو طريقة التفكير وضوابط التفكير وأصول التفكير .. ولهذا ندعو الشباب الملحد أن يحترم عقله قليلا، أن يقرأ أولا أصول التفكير الصحيح، أن يحيط علماً بقواعد التفكير السليم .. وأن يُثقف عقله بالقراءات المختلفة، ليس لمذهب واحد أو فريق واحد، بل يقرأ للكل، يقرأ للملاحدة و يقرأ لمن ينتقد أفكار الملاحد، يقرأ للمفكرين المسلمين و يقرأ لغيرهم، أما أن يُغرق عقله بمنشورات المنتديات و صفحات الفيسبوك و غيره، و لا يقرأ سوى مقال أو مقالات خفيفة ثم يظن أنّه صار علاّمة زمانه و عبقرى عصره فى الفكر و العلوم، فهذا هو الغباء بعينه و الفضيحة الشنعاء ..اذن يا صديقى الملحد اقرأ، واضبط قواعد التفكير ثم أن شئتَ أن تظل مستمسكاً بإلحاد كفلك ذلك .
يذكر انه كان قد أصدر أكثر من 300 عالم وباحث موسوعة "بيان الإسلام.. للرد على الافتراءات والشبهات" كرد علمى وفكرى على كثير من الاتهامات الموجهة للإسلام وكل ما يتعلق به، لا سيما وأن الفترة الأخيرة شهدت تطاولات عدة على الإسلام، وأخذت هذه الإساءات صورًا مختلفة من الفنون، سواء الرسوم الكاريكاتيرية أو الأفلام أو غيرها.
الموسوعة جاءت فى أربعة وعشرين مجلدًا، واثنين وأربعين جزءًا، وعشرة آلاف وثلاثمائة وثلاثين صفحة، كما ضمت ألفا ومائة وثمانية وستين شبهة تم الرد عليها جميعًا بأسلوب علمى دقيق، وبمشاركة أفرقة من كبار العلماء من مختلف التخصصات.
وتمثل هذه الموسوعة أكبر قاعدة علمية شاملة للرد العلمى على الشبهات والأباطيل والافتراءات، وقد تم تقسيمها إلى ثلاثة أقسام: (الرسول- السنة النبوية- القرآن). وقد أجابت هذه الموسوعة على أسئلة كثيرة من قبيل: هل حقا انتشر الإسلام بالسيف؟ ما موقف الإسلام من الرق والعبودية؟ هل حقًا تعتبر المرأة نصف الرجل فى الشهادة والميراث؟ ما حقيقة دعوى أن مهر المرأة ثمن للتمتع بها؟ وما حقيقة تعدد الزوجات فى الإسلام؟ ولماذا تعددت زوجات النبى صلى الله عليه وسلم؟ هل يمكن الاستغناء بالقرآن عن السنة؟ وقد ردت الموسوعة كذلك على شبهة التعارض بين الأحاديث النبوية، وتتعارض السنة مع القرآن، وحقيقة التشكيك فى كمال لغة القرآن؟ والادعاءات بوجود آيات شيطانية فى القرآن، وغيرها من الشبهات والافتراءات.
تقوم الموسوعة على منهج مناقشة الأفكار؛ فتبين فكرة الشبهة، وتعرض وجهات النظر فيها وتحللها وتفندها، منطلقة من المسلمات والنقاط المشتركة أو المتَّفق عليها، ثم إثارة الأسئلة التى تقلب الحجة، والاستئناس بشهادات المنصفين والإحصاءات الواقعية والأحداث التاريخية والحقائق العلمية التى تفند تلك الشبهات. ثم خلاصة مركزة بعد التفصيل.
والقارئ لهذه الموسوعة لا يكاد يلمس تحيُّزًا لفكرٍ بعينه، أو صدًى لمذهب بذاته، أو صبغةً لتوجُّهٍ ما، وإنما الوسطية والاعتدال فى الطرح، والإجماع وما اتفق عليه العلماء الثقات، دون التطرق لما يوصف بأنه محل اختلاف أو اجتهاد فردى بين العلماء، خاصة المسائل العقدية أو المذهبية أو الفقهية التى يحلو للبعض إثارتها بين الحين والحين.