ولد محمد الخضر حسين فى مدينة نفطة بتونس فى 16 أغسطس 1876م، وأصل أسرته من الجزائر، اسمه الأصلى محمد الأخضر بن الحسين بن على بن عمر، فلما جاء إلى مصر حذف "بن" من اسمه على الطريقة المشرقية، وغلب عليه الخضر عوضًا عن الأخضر.
ولما بلغ الشيخ سن الثالثة عشرة انتقل إلى تونس مع أسرته ودرس فى جامع الزيتونة وهناك درس على يد خاله محمد المكى بن عزوز الذى كان له شهرة كبيرة بالجامع.
ودرس على يد مشايخ آخرين أبرزهم الشيخ سالم بوحاجب الذى كان من أعمدة الإصلاح فى تونس، درس على يديه صحيح البخاري، وقد تخرج الشيخ فى الزيتونة سنة 1898م، وألقى دروسًا فى الجامع فى فنون مختلفة متطوعًا، وبقى كذلك مع حضور مجالس العلم والأدب المختلفة.
فى أبريل 1904م أنشأ الخضر حسين مجلة "السعادة العظمى"، وهى أول مجلة عربية ظهرت فى تونس، وكانت تصدر كل نصف شهر، ولم يصدر منها سوى 21 عددًا ثم انقطع صدورها، وقد كان الشيخ يكتب أغلب مقالاتها،
بعد ذلك وجهت له تهمة روح العداء للغرب خاصة سلطات الحماية الفرنسية، فأحس الشيخ بأن حياته وحريته فى تونس معرضة للخطر، فسافر إلى إسطنبول بحجة زيارة خاله بها، وبدأ رحلته بمصر ثم دمشق فاسطنبول، وعندما سمع بأن الأحوال هدأت بتونس عاد إليها عن طريق نابولى الإيطالية، لكنه وجد أن الأمر ازداد تعقيدا، فأزمع الهجرة نهائيا و اختار دمشق موطنا ثانيا له، وخلاله رحلته مر بمصر والتقى بمشايخها الكبار الساكنين بها مثل الشيخ طاهر الجزائرى و محمد رشيد رضا و الشيخ محب الدين الخطيب.
وصل محمد الخضر حسين إلى القاهرة فى سنة 1920م، واشتغل بالبحث وكتابة المقالات، ثم عمل محررًا بالقسم الأدبى بدار الكتب المصرية، واتصل بأعلام النهضة الإسلامية فى مصر وتوثقت علاقته بهم، ثم تجنَّس المصرية، وحصل على شهادة العالمية، وحصل على عضوية هيئة كبار العلماء برسالته "القياس فى اللغة العربية" سنة 1950م).
شيخ الأزهر الشريف
ثم اختير شيخا للأزهر فى 16 سبتمبر 1952م واستقال فى 7 يناير 1954م)، وذلك احتجاجاً على إلغاء القضاء الشرعى ودمجه فى القضاء المدني.
تقول القصص إنه لما تولى مشيخة الأزهر كتب استقالة غير مؤرَّخة من صورتين، احتفظ بإحداهما فى مكتبه، وأعطى الأخرى للشيخ بسيونى مدير مكتبه، وقال له: "إذا رأيتنى ضعيفًا فى موقف من المواقف فابعث بالصورة التى معك إلى المسئولين نيابةً عني، وهذه مسؤوليتك أمام الله".
معارك محمد الخضر حسين مع المثقفين
فى عام 1926م أصدر الشيخ على عبد الرزاق كتابه (الإسلام وأصول الحكم" الذى أثار ضجة كبرى فى ذلك الوقت، وكان محمد الخضر حسين ممن تصدوا للرد على الشيخ على عبد الرازق لتفنيد دعاوى الكتاب، وأصدر كتابه: (نقض كتاب الإسلام وأصول الحكم) فى نفس العام، تتبَّع فيه أبواب كتاب على عبد الرازق، فكان يبدأ بتلخيص الباب، ثم يورد الفقرة التى تعبِّر عن الفكرة موضوع النقد فيفندها.
كذلك كان للخضر حسين موقفا صعبا من كتاب (فى الشعر الجاهلى) للدكتور طه حسين وذلك بتأليف كتاب (نقض كتاب فى الشعر الجاهلي).
الرحيل
بعد استقالته محمد الخضر حسين من مشيخة الأزهر تفرغ للبحث والمحاضرة حتى لبى نداء ربه فى مساء الأحد (28 من فبراير 1958.
