وتعتبــر الكنيســة الأثريــة المبنــى الوحيــد المتبقــى مــن المبانــى القديمــة، وهــى ترجــع للقــرن الرابع الميلادى، حيث أُعيــد ترميمهــا فــى القــرن الســابع عشــر الميلادى.
وبــدأ التعميــر بالديــر العامــر فــى العصــر الحديــث، فــى أواخــر الســتينات وأوائــل الســبعينات مــن القــرن الماضــى.
وأشرف عــدد مــن الآبــاء الأســاقفة علــى عمليــات التعميــر، إلــى أن تــم الاعتــراف بالديــر رســميًا فــى جلســة المجمــع المقــدس بتاريــخ 1998/6/6م، الموافــق 29 مــن شــهر بشــنس لعــام 1714 ش، وأشــرف الأنبــا هــدرا مطــران أســوان وتوابعهــا علــى الديــر مــن ســنة 2002م إلــى 2013م.
وفــى يــوم تاريخــى ومفــرح للديــر، وهــو يــوم الأحــد الموافــق 2013/11/18 الموافــق 9 هاتــور لعــام 1729ش، قــام قداســة البابــا المعظــم الأنبــا تواضــروس الثانــى بسيامة الأنبــا ســلوانس أســقف ورئيــس ديــر الأنبــا باخوميــوس الشــايب بالأقصــر.
وفــى يــوم الســبت الموافــق 23 نوفمبــر لعــام 2013 م الموافــق 14 هاتــور لعــام 1729ش ، تــم تجليــس نيافتــه أســقفًا ورئيسًا لديــر الأنبــا باخوميوس الشــايب بالأقصــر.