يعود تاريخ الطائفة السريانية في مصر إلى نهاية القرن الثالث وبداية القرن الرابع بزيارة واحداً من أباء الكنيسة مار أفرام السريانى إلى الأنبا بيشوى للتعرف على النسكية الرهبانية وشهد على هذه الزيارة وجود شجرة مارأفرام السريانى حاليا في دير السريان.
وذكر الأب فيليب عيسى كاهن الكنيسة السريانية في مصر في تصريحات خاصة لليوم السابع أن فترة الوحدة بين مصر وسوريا شهدت سهولة في التعامل بين الكنيسة الأرثوذكسية والكنيسة السريانية وكان يوجد زيارات متبادلة بين رؤساء الطوائف وأى وحدة لها فوائد وثمار على أرض تمثلت في سهولة التحرك وتبادل الخبرات بين الكنيستين والاستفادة من الخبرات الروحية والرعوية وزادت أواصر الترابط.
وتابع أنه لم تكن الوحدة فقط أمر سياسى ولكن كانت على أصعدة عديدة وهذه الفترة كان بها رخاء والأن ما يجمعنا أكثر ما يجعلنا نختلف، موضحا أن السوريين يشعروا أنهم فى بلد يحتضن الجميع من خلال تقديم تسهيلات كثيرة للجالية السورية وتوفير فرص العمل لهم، مشيدا بتعامل مصر مع الجالية السورية بشكل كبير بسبب الأوضاع التي عاشوها الفترة الأخيرة.
