أثارت عدد من التقارير أزمة بسبب مخطوطات أحد رواد عصر النهضة المصرية رفاعة الطهطاوي، حيث ادعى البعض اختفاء تلك المخطوطات التي كانت محفوظة بقصر ثقافة سوهاج قبل صدور قرار بترميمه وتطويره في عام 2018، ومنذ هذا الحين، اختفت هذه المخطوطات تمامًا، إلا أن الهيئة العامة لقصور الثقافة خرجت لتنفي تلك المزاعم.
ويصل عدد المخطوطات إلى 118 مخطوطًا أثريًا نادرا، يعود لتراث رفاعة الطهطاوي، وتشمل المخطوطات موضوعات متعددة: الأدب، العلوم، والتاريخ، وهى من إرث الشيخ الطهطاوي.
وكان محافظ سوهاج السابق أعلن في عام 2015، عن محافظ سوهاج، عن مشروع تطوير وترميم مخطوطات مكتبة رفاعة الطهطاوى بسوهاج ومخطوطات مكتبة قصر ثقافة طهطا، حيث أن مكتبة رفاعة الطهطاوى بها 14 ألفا و370 مخطوطا من أندر المخطوطات فى العالم، وكذلك تضم مكتبة قصر ثقافة طهطا 118 مخطوطا وحفاظا على هذه المخطوطات من الإهمال وعدم الاهتمام ومن هذا المنطلق تسعى محافظة سوهاج لترميم وتصوير المخطوطات بشكل رقمي للمحافظة عليها وإتاحتها للباحثين.
يعود الأمر إلى عام 24 يناير 2018 حيث تم تشكيل لجنة إدارية من قبل الشؤون المالية والإدارية التابعة للهيئة العامة لقصور الثقافة، وفرع ثقافة سوهاج، قامت بجمع أكثر من 118 مخطوطا، تردد أنه تم تحميلها في سيارات ميكروباص لنقلها إلى القاهرة، وجاء توجيهات الهيئة على أن يتم ترميم المخطوطات وعودتها إلى مسقط رأسها مرة أخرى، ومند هذا التاريخ لم تعود المخطوطات، كما لم يعرّف مصيرها.
وأوضحت هيئة قصور الثقافة أنه في مساء اليوم نفسه 28 يناير 2018 وبحضور رئيسي الهيئة العامة لقصور الثقافة والهيئة العامة لدار الكتب والوثائق القومية وقتذاك والمشرف على أمن دار الكتب ولجنة هيئة قصور الثقافة، استلمت اللجنة المشكلة من دار الكتب والوثائق تلك المخطوطات وعددها 118 مخطوطا تبدأ برقم مسلسل 1 برقم عام 55 والمعنونة "الفتوحات الإلوهية بشرح الأربعين النووية"، وتنتهي برقم مسلسل 118 برقم عام 172 والمعنونة "تفسير سورة الأنعام".
وأفادت الهيئة العامة لقصور الثقافة أنها تلقت في 24 ديسمبر 2017 خطابا من الهيئة العامة لدار الكتب والوثائق القومية لضم المخطوطات الموجودة بقصر ثقافة طهطا للهيئة العامة لدار الكتب والوثائق القومية، حتى يمكن للأخيرة من القيام بدورها في المحافظة على المخطوطات وفقا للقانون رقم 8 لسنة 2009 وحتى يمكن ترميمها وإتاحتها للباحثين، وقد تم تشكيل لجنة لفحص هذه المخطوطات واستلامها، واستلمت اللجنة المخطوطات وعددها 118 مخطوطا من قصر ثقافة طهطا/ سوهاج بتاريخ 28 يناير 2018.
وقد أفاد تقرير أرسلته الهيئة العامة لدار الكتب والوثائق القومية إلى الهيئة العامة لقصور الثقافة أنه منذ ذلك التاريخ 28 يناير 2018 أصبحت هذه المخطوطات ملكا لدار الكتب والوثائق القومية وفقا لقانون المحافظة على المخطوطات رقم 8 لسنة 2009، ويفيد التقرير بعدد من الإجراءات التي اتخذتها دار الكتب والوثائق بمجرد استلام هذه المخطوطات وهي: عزل تلك المخطوطات وتعقيمها بالكامل بالتعاون مع مركز الترميم بدار الكتب، تسجيل هذه المجموعة الكاملة في سجل خاص بها وفهرستها فهرسة أولية، كما تم عمل خطة لترميم ما يحتاج منها إلى أعمال ترميم، وتم رقمنة 43 مخطوطا علما بأن هناك مخطوطات تتجاوز 1800ورقة، وتم ترميم عدد 3 مخطوط كانت بحاجة إلى ترميم سريع.
