يمثل المقر البابوي أحد أهم تراث الكنيسة الأرثوذكسية وتاريخها، ويمر تاريخه بـ7 محطات أساسية من بداية الكرازة في الإسكندرية القديس مارمرقس الرسول حتي عصرنا الحالي قداسة البابا تواضروس الثاني، وتعتبر المحطة السابعة والأخيرة هي "كاتدرائية ميلاد المسيح بالعاصمة الإدارية الجديدة".
وكانت المحطة الثانية هي كنيسة السيدة العذراء المعلقة في الفترة من (1047 – 1320 )، ومع بداية الحكم الفاطمي علي مصر تم تأسيس مدينة القاهرة عام 969 م وتم نقل النشاط التجاري إلى العاصمة الجديدة مما حدا بالبابا خريستوذولوس البطريرك 66 ( 1046- 1077 ) بنقل الكرسي البابوي إلى كنيسة السيدة العذراء الشهيرة بالمعلقة بمصر القديمة.
وقد كتب المؤرخ الانجليزي الشهير الفريد بتلر ( 1850- 1936 ) عن كنيسة المعلقة فقال عنها أنها من أقدم الكنائس الباقية في مصر؛ حيث تنتمي الكنيسة الصغرى إلى القرن الثالث أو الرابع الميلادي؛ بينما ترجع الكنيسة الكبرى إلى القرن السادس الميلادي؛ ولعل سبب تسميتها بالمعلقة يرجع إلي كونها مبنية على أنقاض اثنين من البروزات في الحصن الروماني؛ وهي مبنية علي الطراز البازيليكي الذي يتميز بوجود ثلاثة مذابح.
واستمرت الكنيسة المعلقة هي المقر الرسمي للكرسي البابوي حتي عهد البابا يؤانس الثامن البطريرك 80 (1300- 1320) باستثناء فترات قصيرة كان بعض البابوات يلجأون إلي كنيسة أبو سيفين بمصر القديمة ويتخذونها كأستراحة بديلة.
