علق الشيخ خالد الجندى، على فتوى الأزهر الشريف بتحريم الانضمام لجماعة الإخوان، قائلا:"إن الأزهر الشريف هو المتحدث الرسمى الموثوق فيه للإسلام المعتدل الذى أجمع العالم على قبوله، كما أن الجميع يحترم الأزهر ومنهجه.
وأضاف الجندى، خلال مداخلة هاتفية، لبرنامج الحكاية، تقديم الإعلامي عمرو أديب، أن الأزهر الشريف ما زال كعبة العلم ورأى الأزهر فى فتوي الإخوان معناه أن الأمر لا غبار فيه، قائلا:" الأزهر دائما يتريث قبل إصدار الفتاوى ولا يبادر بالتفكير والتخوين".
وتابع الشيخ خالد الجندى، أن الأزهر يعمل على استقرار الأمن المجتمعى العالمى بشهادة رجال الأديان الأخرى، مشيراً إلى أن الخطاب الوسطي للأزهر يمثل حجر الأساس فى الخطاب الدينى العالمى والذى يخرج من الأزهر ومؤسسته.
وأشار الشيخ خالد الجندى:"عندما قولت أننى شيخ السلطان ظنوا أن كلمة السلطان هى الحاكم أو الملك ولكنها تعنى القانون، ولا يوجد من حرض على سفك الدماء مثل القرضاوى وهذا أمر مؤسف".