في عهد الحملة الفرنسية فى مصر، انتشر الطاعون عبر الوافدين من خلال البحر المتوسط حيث كانت السفن الداخلة إلي ميناء الإسكندرية تحمل الوباء وحصدت أرواح الأطباء الفرنسيين، وكان العلماء العرب ينظرون للطاعون أنه مرض، ولكن كثرة انتشاره صار وباء، أما العلماء الفرنسيون في وقت الحملة الفرنسية علي مصر، فكانت مبنية على أن الطاعون من الأمراض المعدية.
ووقامت الحملة حينها بتطبيق الحجر الصحي علي الجميع بلا استثناء، ويذكر الجبرتي في حوادث 29 يناير عام 1801م، أنه مع بداية انتشار الطاعون، انزعج الفرنساوية وشرعوا في عمل كرنتينات "أماكن مخصصة للحجر الصحي والتحفظ لمدة 40 يوما"، ومحافظات، وأصبح للمحجر الصحي فاعلية في مراقبة المسافرين وحجزهم، حتي تم الإعلان علي محاصرة الوباء.
وبحسب كتاب " تفسير طنطاوي جوهري (الجواهر في تفسير القرآن الكريم) 1-13 ج4" للشيخ طنطاوي جوهري، فإنه ومع تواجد الحملة الفرنسية فى مصر، تفشى الطاعون فى سائر البلاد المصرية، فأمر الفرنسيون الناس بأن لا يدخلون بيتا فيه مصاب ولا يخرجونه، وأرادوا عمل الحجر الصحى، لكن عند عندما أمر الفرنسيون بالحجر الصحى، اعتبر المصريون هذا عقاب، وأرسل قائد الجيش خطابا يتضمن الحجر؟
ويوضح المؤلف أن "الجبرتى" ذكر فى تاريخه، أن شرع الفرنسيون فى تطبيق الحجر الصحى، بحيث يحرقون ثياب المصاب وفرشه ثم لا يقرب من الميت بالطاعون أحد، فاستبشع الناس ذلك وأخذوا فى الهرب والخروج مصر إلى الأرياف.
ويذكر الكاتب عمر جاسم محمد فى كتابه "العين الغائبة" أن الفرنسيون أثناء تواجدهم اهتموا بالجانب الصحى، وكان من بين التدابير الوقائية التى فرضها نابليون على المصريين، نشر الثياب والامتعة والمفروشات على الأسطح لأيام عدة، ورش البيوت بالمبيدات المضادة للعفونة، خوفا من ظهور الطاعون وانتشاره، وللتأكد من ذلك رصدوا لجان تفتيشية لمقراقبة البيوت والتأكد من الالتزام بتطبيق الأوامر، كما بنوا كرنتينة "دائرة الحجر الصحى" فى بولاق للتاكد من سلامة الوافديين، وأقاموا أماكن يحجزر فيها القادمون السفر أياما معدودة.
