حددت المادة 4 من القانون رقم 209 لسنة 2020 بإصدار قانون إعادة تنظيم هيئة الأوقاف المصرية اختصاصات الهيئة، حيث نصت على أن يكون للهيئة فى سبيل تحقيق أغراضها مباشرة عدد من الاختصاصات، أولها إدارة الأوقاف الخيرية واستثمارها والتصرف فيها على أسس اقتصادية بقصد تنمية أموال الأوقاف باعتبارها أموالًا خاصة نيابة عن وزير الأوقاف بصفته ناظرًا على الأوقاف الخيرية، على أن تتولى وزارة الأوقاف تنفيذ شروط الواقفين والأحكام والقرارات النهائية الصادرة من المحاكم واللجان فى شأن القسمة أو الاستحقاق أو غيرها وكذلك محاسبة مستحقى الأوقاف الأهلية وفقًا لأحكام القانون رقم 44 لسنة 1962 المشار إليه وذلك من حصيلة ما تؤديه الهيئة إلى الوزارة.
كما تختص الهيئة بحصر وتقييم أعيان وأموال الأوقاف التى تختص الهيئة بإدارتها واستثمارها، واستلام هذه الأموال عن طريق اللجنة النوعية المختصة، على أن تمثل فيها وزارة المالية والمجالس المحلية والهيئة العامة للإصلاح الزراعى وأى جهات أخرى بحسب الأحوال، ويبين قرار إنشاء هذه اللجان كيفية أداء عملها، على أن يكون التصرف فى الأعيان والعقارات بطريق المزاد العلنى.
ويجوز للهيئة الاستبدال أو البيع بالممارسة فى الأحوال الآتية (للملاك على الشيوع فى العقارات التى بها حصص خيرية بشرط ألا تزيد الحصة الخيرية على نصف العقار - لمستأجرى الأراضى الفضـــاء التى أقــام عليهـــا مستـــأجروها مبـــانى لأكـــثر من خمس عشرة سنة - لمستأجرى الوحدات السكنية بعمارات الأوقاف بالنسبة للوحدات المؤجرة لهم).
ويتضمن هذا الحصر كل ما يتعلق بهذه الأموال من بيانات وذلك لاتخاذ الإجراءات الكفيلة بالمحافظة على حقوق الهيئة فى مواجهة المستأجرين أو المستبدلين أو واضعى اليد، وإذا ما تبين للجنة وجود أى نقص فى الأعيان والأموال المسلمة، ألزمت جهة التسليم بالتعويض، ويقصد بجهة التسليم فى تطبيق أحكام هذا القانون كل جهة حكومية سبق استلامها أراضى أو عقارات أو أموالًا خاصة بالأوقاف بموجب أحكام قوانين أخرى.
وتختص هيئة الأوقاف المصرية بشراء الأعيان التى تتولى لجان القسمة بيعها طبقًا لأحكام القانون رقم 55 لسنة 1960 بقسمة الأعيان التى انتهى فيها الوقف أو غيرها من الأعيان التى تحقق عائدًا، وتوكيل أشخاص اعتبارية عامة أو خاصة أو غيرها فى تحصيل إيراداتها فى نطاق إقليمى معين مقابل عمولة تحصيل وذلك طبقًا للشروط التى يحددها مجلس إدارة الهيئة.
