منذ العصور الفرعونية القديمة، ولا يزال هناك من المقابر القديمة المفقودة، التى يعتقد إنها موجودة فى مصر، حيث يعتقد يوجد العديد المقابر الفرعونية، والبطلمية، وحتى في العصور الإسلامية فهناك العديد من المقابر الذى اتفق أغلب العلماء أن أصحابها دفنوا في مصر، لكن لم يتضح مكانها حتى الآن، ولا يزال البحث عنها مستمر حتى الآن، ومن أشهر هذه المقابر:
عمرو بن العاص
وبحسب كتاب "تاريخ عمر بن العاص" للدكتور حسن إبراهيم حسن، فإن العديد من المؤرخين العرب من بينهم أبو المحاسن وابن قتيبة وابن الزيات فى كتابه "الكواكب السيارة فى ترتيب الزيارة" والدميرى فى كتابه "حياة الحيوان: باب وعل" على أن عمرو بن العاص دفن بمصر وبالتجديد بسفح جبل المقطم فى ناحية الفخ وكان طريق الناس إلى الحجاز.
وقد اختلف فى قبره البعض، فقال صاحب كتاب "المزارات المصرية" أن قبر عمرو بن العاص غربى قبل الإمام الشافعى والموضع به يسمى مقابر قريش، وقال غيره هو غربى الخندق وشرقى مشهد السيدة آمنة ابنه موسى الكاظم.
محمد ابن أبى بكر
روى ابن عثمان في كتابه أنه لما قُتل ابن أبي بكر أحُرق بالنار، ودُفن في الموضع الذي قُتل فيه، وبعد سنة جاء غلامه وكان يدعى "زمام" فحفر عليه، فلم يجد سوى رأسه، فدفنه في موضع بُني عليه مسجد عرف في ما بعد باسم مسجد محمد الصغير في منطقة مصر القديمة. ويقال إن الرأس في قبلة المسجد.
الحسن بن الهيثم
كان قبر الحسن بن الهيثم مجهولًا، ولا يعرف أحد مكانه، ولم يأخذ أحد من المسئولين هذا الموضوع بجدية، ويقومون ببحث هذا الأمر، والتأكد من المكان، والتوضيح بالأدلة صحة هذا الكلام أو عدمه.
وأكد عدد من أساتذة الأثار والحضارة الإسلامية أنهم تعرفوا مما ورد فى كتب المزارات على قبر الحسن بن الهيثم، وأنه موجود فى حوش حديث بالقرافة الصغرى بجوار قبر الصحابى الجليل عقبة بن عامر، جنوبى قبة الإمام الشافعى بمصر القديمة.
ابن خلدون
المصادر التاريخية تؤكد أن مؤسس علم الاجتماع دفن فى مصر، لكن حتى الآن قبره يعد مجهولا، لكن الثابت لدى العديد من المؤرخين أن قبره فى مصر بمنطقة مقابر الصوفية فى باب النصر، ولكن ليس معلوما بالتحديد فى أى هذه القبور يرقد رفات "ابن خلدون"، فيما يعتقد عدد من الباحثين أن ابن خلدون دفن بمقابر الصوفية خارج باب النصر، فى قبر غير معلوم.
