يترأس قداسة البابا تواضروس الثانى بابا الإسكندرية وبطريرك الكرازة المرقسية، ختام جلسات المجمع المقدس، حيث يعقد جلسته العامة اليوم الخميس فى مركز لوجوس البابوى بدير الأنبا بيشوى العامر بوادى النطرون.
ويعد المَجْمع المقدس الهيئة العليا داخل الكنيسة القبطية الأرثوذكسية، ويرأسه البابا تواضروس الثانى بابا الإسكندرية وبطريرك الكرازة المرقسية، حيث يناقش الأوضاع التشريعية والكهنوتية واللاهوتية.
ويوجد بالمجمع 12 لجنة رئيسية وهى: لجنة السكرتارية واللجنة الدائمة ولجنة الرعاية والخدمة ولجنة شئون الإيبارشيات ولجنة شئون الرهبنة والأديرة ولجنة الأسرة بالإضافة إلى لجنة الإيمان والتعليم ولجنة الطقوس ولجنة العلاقات العامة ولجنة الإعلام والمعلومات ولجنة المسكونية ولجنة شئون المهجر.
وتقوم اللجان الدائمة بدورها بالمجمع سواء اتخاذ قرارات فى الظروف الطارئة فقط فيما عدا ما يخص الإيمان والعقيدة، من ثم يتم عرض القرارات التى اتخذت فى الظروف الطارئة فى أول جلسة للمجمع.