ظل قبر الحسن بن الهيثم مجهولًا، ولا يعرف أحد مكانه، ولم يأخذ أحد من المسئولين هذا الموضوع بجدية، ويقومون ببحث هذا الأمر، والتأكد من المكان، والتوضيح بالأدلة على صحة هذا الكلام أو عدمه.
وانتقل ابن الهيثم إلى القاهرة حيث عاش معظم حياته، وهناك ذكر أنه بعلمه بالرياضيات يمكنه تنظيم فيضانات النيل عندئذ، أمره الخليفة الفاطمي الحاكم بأمر الله بتنفيذ أفكاره تلك، إلا أن ابن الهيثم صُدم سريعاً باستحالة تنفيذ أفكاره، وعدل عنها، وخوفًا على حياته أدعى الجنون، فأُجبر على الإقامة بمنزله حينئذ، كرس ابن الهيثم حياته لعمله العلمي حتى وفاته.
وأكد عدد من أساتذة الآثار والحضارة الإسلامية أنهم تعرفوا مما ورد فى كتب المزارات على قبر الحسن بن الهيثم، وأنه موجود فى حوش حديث بالقرافة الصغرى بجوار قبر الصحابى الجليل عقبة بن عامر، جنوبى قبة الإمام الشافعى بمصر القديمة. والعديد من المصادر التاريخية أكدت أن الحسن بن الهيثم، دفن بالقاهرة، لكن وقع الخلاف فى ذلك أيضا، فقد زعم البعض أن دفنه كان خارج القطر المصرى، خاصة أنه لم يستدل على قبره إلى يومنا هذا.
الدكتور أحمد فؤاد باشا، أستاذ الفيزياء والمحقق الكبير، ذكر فى محاضرة علمية، أنه علم بالاتصال الشخصي من الدكتور محمد حمزة الحداد، أستاذ الآثار والحضارة الإسلامية، أنه تعرف مما ورد فى كتب المزارات على قبر الحسن بن الهيثم، وأنه موجود في حوش حديث بالقرافة الصغرى بجوار قبر الصحابي الجليل عقبة بن عامر، جنوبي قبة الإمام الشافعي بمصر القديمة.
والعدد الأكبر من المصادر يؤكد وجود رفات ابن الهيثم فى التراب المصرى، لكن لا أحد على التأكيد يستطيع أن يجزم بصحة هذا الاعتقاد، حيث يرجح البعض أنه فرر إلى سوريا بعد أزمته مع الحاكم بأمر الله حاكم فى مصر، فى حين يرجح البعض الآخر أنه دفن فى مدينة البصرة العراقية، حيث ذهب إليها بعد مغادرته سوريا، وهناك توفى، لكن تلك الأقاويل لا تستند إلى حقائق تاريخية أو أثرية مؤكدة.
الشاهد الأكبر على دفن ابن الهيثم فى القاهرة، هو ذكر العديد من المؤلفات والدراسات أنه لم يغادر القاهرة بعد أزمته مع الحاكم وادعائه الجنون، فيذكر كتاب "فلسفة الضوء" في مقدمته التي كتبها محقق الكتاب على يوسف، أن ابن الهيثم، بعدما رأى استحالة إقامة سد على النيل، عينه الحاكم على بعض الدواوين، فقبلها على مضض، خشية من أن يعصيه، فاصطنع الجنون، وظل فى بيته حتى وفاة الحاكم، بعدها خرج ووقف نفسه للعلم والأدب، ويشير الكتاب إلى أنه دفن فى القاهرة عام 430هـ.
